要解决这个问题,您可以使用Python编程语言和Chembl数据库中的MCS_Chembl抑制剂数据集。以下是一个基本的示例代码,演示如何使用rdkit库从Chembl数据库中获取SET家族蛋白的抑制剂。
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import PandasTools
from chembl_webresource_client.new_client import new_client
# 设置Chembl Web服务客户端
chembl_client = new_client()
# 获取SET家族蛋白的相关目标(target)
target_query = chembl_client.target.search('SET')
set_protein = target_query[0] # 假设我们选择第一个SET家族蛋白作为目标
# 获取MCS_Chembl抑制剂数据集
mcs_chembl_compounds = chembl_client.activity.filter(target_chembl_id=set_protein['target_chembl_id'],
assay_type='B').only(['molecule_chembl_id'])
# 获取化合物的结构信息并显示
molecules = []
for compound in mcs_chembl_compounds:
molecule = chembl_client.molecule.get(compound['molecule_chembl_id'])
molecules.append(molecule)
PandasTools.FrameToGridImage(molecules, legends=[molecule['pref_name'] for molecule in molecules])
上述代码首先导入必要的库,然后设置Chembl Web服务客户端。接下来,使用Chembl客户端搜索SET家族蛋白的相关目标,并选择第一个SET家族蛋白作为目标。
然后,使用Chembl客户端过滤获取MCS_Chembl抑制剂数据集,仅保留分子化合物的化学信息。最后,将化合物的结构信息显示出来。
请确保已经安装了rdkit和chembl_webresource_client库,并替换代码中的SET家族蛋白目标信息。这只是一个基本示例,您可以根据需要进一步扩展和优化代码。