MySQL服务器因超时关闭了与DBngin的连接。

可以尝试以下解决方案：

1. 增加MySQL服务器的等待时间

可以在MySQL配置文件中增加wait_timeout参数的值，该参数表示MySQL服务器和客户端之间的超时时间（以秒为单位，默认为28800秒）。可以将其设置为更长的时间来延长连接的生存周期，例如设置为600秒：

SET GLOBAL wait_timeout = 600;

2. 增加PHP的内存限制

如果查询的数据集较大，可能会导致PHP超出其内存限制，从而导致MySQL服务器关闭连接。可以尝试增加PHP的内存限制。可以通过修改php.ini文件或者在代码中使用ini_set()函数来实现：

ini_set('memory_limit', '256M');

3. 使用MySQL长连接

在每个SQL查询后，MySQL都会关闭与客户端的连接。可以使用MySQL长连接（persistent connection）来保持连接的持久性。在使用PDO连接数据库时，可以在DSN字符串中加入参数PDO::ATTR_PERSISTENT来开启长连接：

$db = new PDO('mysql:host=localhost;dbname=my_database;charset=utf8mb4', 'username', 'password', array(
    PDO::ATTR_PERSISTENT => true
));

4. 检查网络连接

MySQL服务器与客户端之间的网络连接可能出现问题，例如网络中断、DNS解析失败等。可以尝试检查网络连接是否正常。

5. 重启MySQL服务器

如果以上方法都无效，可以尝试重启MySQL服务器，有时候MySQL会出现不良状态，重启可以恢复其正常运行。