bookdown在gitbook和split_by方面存在html格式问题。

1. Gitbook格式问题的解决方法：

如果你在使用bookdown时遇到了Gitbook格式方面的问题，可以尝试使用以下代码示例来解决：

bookdown::gitbook:
  css: style.css
  split_by: section
  config:
    toc:
      before: |
        <li><a href="./">Introduction</a></li>

在上面的代码示例中，我们使用了css选项来指定一个自定义的样式表（style.css），这可以用来调整Gitbook生成的HTML的样式。

另外，我们还使用了config选项来自定义目录结构。在toc字段中，我们使用了before选项来添加一个自定义的目录链接（Introduction）。你可以根据自己的需要自定义目录结构和样式。

2. split_by方面的HTML格式问题解决方法：

如果你在使用split_by选项时遇到了HTML格式方面的问题，可以尝试使用以下代码示例来解决：

bookdown::gitbook:
  split_by: "chapter"
  config:
    book:
      chapter_number: true

在上面的代码示例中，我们在split_by选项中指定了"chapter"，这将按照章节（chapter）来分割输出的HTML。

另外，我们还在config选项中使用了chapter_number字段来启用章节编号。这可以帮助更好地组织和呈现书籍的内容。

请根据你的具体情况和需求自行调整代码示例中的参数和选项。希望这能对你有帮助！