Bash命令无法从RMarkdown文件中运行。

R Markdown文件中可以包含各种语言的代码块，包括Bash。但是有时候会发现，Bash命令并没有像预期那样运行。

引起这种问题的根本原因是R Markdown文件在运行时默认使用R的环境，而非Bash。因此，Bash命令的执行需要添加“shell: true”选项。

以下是一个简单的例子来演示如何在R Markdown中运行Bash命令：

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title: "Run Bash Commands in R Markdown"
output: html_document
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This R Markdown document shows how to run Bash commands in R Markdown.

```{bash, echo=TRUE, results='asis', warning=FALSE, message=FALSE, options='--login', engine.opts = list(shell = '/bin/bash')}
if which cowsay > /dev/null
then
cow="cowsay -f $(ls /usr/share/cowsay/cows/ | shuf -n1)"
else
cow="echo"
fi

$cow "Hello from Bash!" | lolcat

以上代码块中设置了Bash的选项，确保了Bash的环境变量在R Markdown中可用。在Bash命令开头添加“$”符号表示运行Bash命令。

需要注意的是，为了在R Markdown中使用Bash，需要先安装相应的软件包（比如以下代码中的“lolcat”和“cowsay”）。