生信如何使用ubuntu
社区干货
集简云4月更新合集:新增25款集成应用,更新10款应用,新增近200个可用动作
生鲜等六大行业,为客户提供一体化供应链解决方案和物流服务,帮助客户优化存货管理、减少运营成本、高效分配内部资源,实现新的增长。 官网:https://www.jdl.cn/ **可用执行动作*** 用户下单* 取消下单* 查询快递实时等信息* 预约上门取件* 取件单取消下单 **应用使用示例** **电商系统+京东物流** :在客户下单后,京东物流自动创建快递订单上门取件,快速为您的电商系统增加自动...
弹性容器实例:从节点中心转型 Serverless 化架构的利器
Serverless 架构的成熟让云原生技术进入全新阶段——Serverless 把公有云弹性伸缩、免运维、快速接入等特性发挥到了极致,极大降低了用户的使用成本,让用户和企业只需要专注于其业务逻辑,实现真正意义上的敏捷开发。... 生信科学计算、社交电商等业务场景的多种 GPU 和 CPU 的算力需求。欢迎感兴趣的用户扫码咨询、使用!,本赛道主要围绕Bio-OS的平台能力提升和工具插件支持提供赛题。赛题分为开发类和工具类:- 开发类赛题主要面向具备IT背景的参赛团队,需要熟悉Go或者JS开发,基于Bio-OS的开源项目进行进行方案设计并最终实现和提交到Bio-OS仓库中。- 工具类赛题主要面向生物信息领域背景,熟悉生信常用软件和工具,擅长Python和R语言,在Bio-OS中提供生信的工具或者为Bio-OS N...
火山引擎veStack荣获信通院“可信云﹒专有云能力综合水平评估”认证
veStack也已取得不少典型建设成果,如为某国家级生物医学科研平台构建了包含计算、存储、网络、数据库、容器等云服务在内的全栈云基础设施,同时配合上层生信操作系统以及联邦学习、数据治理等智能数据解决方案,为用户打造了丰富完整的行业生态云平台。目前,veStack云平台已完整上线运行了超过20个生信应用,服务于数十个实验室科研团队,帮助科研人员实现产学研数据共享的价值最大化,以及加速产出更多重大生物医学科研成果。通过veS...
特惠活动
生信如何使用ubuntu-优选内容
生信如何使用ubuntu-相关内容
查看费用明细
本章节介绍如何查看生信操作系统Bio-OS的费用明细。 点击右上角【账单管理】 点击账单,点击不同的标签页,查看整体消费情况。 单击【账单总览】标签页,查看账户整体费用情况。 单击【账单】标签页,查看消费流水信息。 单击【账单明细】标签页,查看消费详细信息。账单明细支持按照不同的统计项和统计周期进行筛选。 导出账单 点击【账单详情】-【账单明细】标签页 统计周期选择【明细】 产品列筛选选择:生信操作系统-云平台...
应用场景
平台优势流程可移植: 基于云原生架构体系,并支持GA4GH规范标准,确保流程可移植,符合“一次构建,处处运行”的云原生理念。 结果可复现: 通过提供Dashboard、分析历史记录工作流配置等功能,确保生信研究的可复现性。 知识可分享: 通过以Workspace为核心开展生信分析工作,最终结果能够以workspace的形式进行沉淀、公开和传播。 应用场景Bio-OS生信分析平台端到端贯穿生信分析Preprocessing-Processing-Postprocessing全生命周期,...
Bio-OS中的工作流
工作流是由一系列步骤或者工具的集合组成 ,方便平台使用人员进行生信科研领域的自动化、批量化分析。Bio-OS面向开放兼容架构,遵循GA4GH的标准规范,能够兼容标准热门的生信分析工作流规范,目前支持WDL的语言规范,生信科研人员能够灵活便捷的开启任意规模的生信分析任务。 快速开启工作流分析您可以通过以下步骤快速开启一条或多条工作流的执行: 将您待测序或者待分析的样本制作为“数据模块”处的实体数据模型 从代码仓库中将您的...
火山引擎Bio-OS:帮助降低人力成本40%
随着第三代基因测序技术的引入,生物信息学的研究领域得以广泛拓展,为深度挖掘基因信息提供了更多的可能性,同时也带来了海量的数据分析和处理任务。 北京希望组生物科技有限公司(下文简称希望组)在打造全新的三代测序项目交付平台时,引用火山引擎 Bio-OS 解决方案,建立了基于 web 的生信数据分析平台,不仅有效降低生信数据分析门槛,也使售后人力成本降低了40%,运维成本降低了30%。 希望组(Grandomics)是全球知名的三代测序技术拓展...
火山引擎携手格物致和,打造大内存高速率智能化生物信息云平台
精准医学快速发展的核心技术之一是科研及临床海量数据的产生,随着WGS 、WES、单细胞、空间转录组、空间蛋白组等新技术的普及,基因组和蛋白组的相关数据量快速增加,从而对于大数据分析计算、合理存储、数据安全等方面也提出了更高的要求。 云计算的兴起,解决了精准医学领域因数据骤增带来的计算效率降低,存储成本提升等痛点: 计算灵活弹性,以应对潮汐业务,面对高峰业务秒级启动,降低IT资产投入。同时引入异构计算,针对生信数据不...
共享集群
共享集群共享集群为用户提供了完全serveless化的基因计算服务,所有资源完全弹性按需,用户也只需为使用付费,更灵活、更经济、更便捷。创建共享集群并不会在云上实际购买或创建集群,而是在实际运行阶段才会按需创建及收费。 创建共享集群 点击【集群管理】-【创建共享集群】 点击输入共享集群名称及描述 共享集群名称:填写集群名称,名称规则如下 共享集群描述:填写共享集群描述,0-300字符,无字符限制 勾选协议及完成下单 在完...
登录命令
json Usage: bioctl auth [COMMAND]Retrieve and manage user credentials.Commands: login Set credentials to authorize revoke Revoke credentials from an account. status Print login status of the currently authorized account查询登录状态Bash $ bioctl auth statusOption Valuemethod volctimeout 10serverAddr open.volcengineapi.cominsecure ...
环境管理
在Bio-OS中,您可以对为当前的Workspace中的工作流或者Notebook选择关联的集群。点击左侧菜单中的环境管理可以看到当前的资源信息。工作流和Notebooks都只能关联一个集群(来自集群管理中纳管的集群),关联后当前Workspace的工作流将会投递到关联的集群中,Notebook也会从关联集群中进行启动。工作流和Notebook可以选择关联不同集群,更换关联集群需要解除关联后再重新关联新的集群。
使用GATK进行基因组分析
使用GATK进行基因组分析本章节介绍了如何使用Genome Analysis Toolkit(GATK)在 Bio-OS 上运行基因组分析工作流。本章节中使用的工作流是 GATK ,用于将Cram格式的序列转换为Bam格式,并通过GATK,进行变异分析,得到变... 登录生信操作系统Bio-OS并创建共享集群 登录生信操作系统控制台 在左侧导航栏单击 【集群管理】 在 【共享集群】 标签页面,单击 【创建共享集群】 配置 workspace 环境 在左侧导航栏单击 【workspace】 在 ...
