批量生成输出的snakemake

要批量生成输出的 snakemake 规则，您可以使用通配符和动态文件名生成，以及循环来实现。下面是一个示例解决方案：

假设您有一个文件夹，其中包含多个输入文件，您想要为每个输入文件生成一个输出文件。您可以使用通配符来匹配输入文件，并使用动态文件名生成来生成输出文件的名称。然后，您可以在规则中使用循环来处理每个输入文件。

首先，您需要定义通配符来匹配输入文件的文件名：

INPUTS = glob_wildcards("path/to/inputs/{input_file}.txt")

然后，您可以使用动态文件名生成来生成输出文件的名称：

rule all:
    input:
        expand("path/to/outputs/{input_file}.output.txt", input_file=INPUTS.input_file)

接下来，您可以使用循环来处理每个输入文件并生成输出文件。在规则的输入部分，您可以使用通配符来匹配所有输入文件。然后，在规则的输出部分，您可以使用动态文件名生成来生成每个输出文件的名称：

rule process_input:
    input:
        "path/to/inputs/{input_file}.txt"
    output:
        "path/to/outputs/{input_file}.output.txt"
    run:
        # 这里是您处理输入文件并生成输出文件的代码

完成以上步骤后，您可以运行 snakemake 来生成批量输出文件：

snakemake --cores <num_cores>

这将根据输入文件的数量并行生成输出文件。

请注意，上述示例仅提供了一个基本的框架，您需要根据您的实际情况进行调整和扩展。另外，您可能还需要根据您的实际需求添加一些参数和约束。