如何构建（或下载）hg19.map文件？

1. 下载UCSC Genome Browser的hg19参考序列。可以从UCSC网站上下载hg19的fasta文件，并保存为'hg19.fa”。

2. 使用UCSC Genome Browser的liftOver工具将hg19参考序列转换为BED格式。BED格式由三列组成：染色体名称、起始位置和终止位置。在命令行中输入以下命令：

liftOver -bedPlus=3 input.bed hg19ToHg38.over.chain.gz output.bed unMapped.bed

其中，'input.bed”是你已有的BED文件，要将其转换为hg19.map文件。'hg19ToHg38.over.chain.gz”是liftOver工具需要的转换文件（可以从UCSC网站上下载）。将转换后的BED文件保存为'hg19.map”。

3. 使用bioperl中的Bio::Map::LinkageMap模块将hg19.map文件转换为Bio::Map::PositionMap对象。在Perl脚本中，输入以下代码：

use Bio::Map::LinkageMap;
my $map = Bio::Map::LinkageMap->new( -file => 'hg19.map');
my $position_map = $map->get_position_map();

这将为你提供一个$position_map对象，其中包含每个标记（指位于hg19.map文件中的位置）的位置信息。

注意：以上解决方法中，使用的liftOver工具和Bio::Map::LinkageMap模块都需要在你的计算机上安装和配置好。