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如何修改fasta文件的头信息并将其与另一个文件的信息合并?

  1. 读取fasta文件和另一个文件,存储在两个列表中。

    with open("fasta_file.fasta", "r") as f:
        fasta_data = [line.strip() for line in f.readlines()]
    
    with open("other_file.txt", "r") as f:
        other_data = [line.strip().split("\t") for line in f.readlines()]
    
  2. 修改fasta文件的头信息。

    new_fasta_data = []
    for row in fasta_data:
        if row.startswith(">"):
            header = row.split()[0]
            for other_row in other_data:
                if header == other_row[0]:
                    new_header = header + "|" + other_row[1] + "|" + other_row[2]
            new_fasta_data.append(new_header)
        else:
            new_fasta_data.append(row)
    
  3. 合并fasta文件和其他文件的信息。

    merged_data = []
    for row in other_data:
        header = ">" + row[0] + "|" + row[1] + "|" + row[2]
        for fasta_row in fasta_data:
            if fasta_row.startswith(header):
                sequence = fasta_data[fasta_data.index(fasta_row) + 1]
                merged_row = [row[0], row[1], row[2], sequence]
                merged_data.append(merged_row)
    

完整代码示例:

with open("fasta_file.fasta", "r") as f:
    fasta_data = [line.strip() for line in f.readlines()]

with open("other_file.txt", "r") as f:
    other_data = [line.strip().split("\t") for line in f.readlines()]

# Modify fasta header
new_fasta_data = []
for row in fasta_data:
    if row.startswith(">"):
        header = row.split()[0]
        for other_row in other_data:
            if header == other_row[0]:
                new_header = header + "|" + other_row[1] + "|" + other_row[2]
        new_fasta_data.append(new_header)
    else:
        new_fasta_data.append(row)

# Merge fasta and other data
merged
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