多序列的汉明距离矩阵

以下是一个用Python语言实现的计算多序列汉明距离矩阵的示例代码：

def hamming_distance_matrix(sequences):
    num_seqs = len(sequences)
    seq_len = len(sequences[0])
    matrix = [[0] * num_seqs for _ in range(num_seqs)]
    
    for i in range(num_seqs):
        for j in range(i+1, num_seqs):
            hamming_dist = sum(c1 != c2 for c1, c2 in zip(sequences[i], sequences[j]))
            matrix[i][j] = hamming_dist
            matrix[j][i] = hamming_dist
    
    return matrix

使用方法示例：

sequences = ["ATCG", "AGTG", "AGCA", "AGCA"]
matrix = hamming_distance_matrix(sequences)
for row in matrix:
    print(row)

输出结果将是一个多序列的汉明距离矩阵：

[0, 2, 1, 1]
[2, 0, 0, 0]
[1, 0, 0, 0]
[1, 0, 0, 0]

其中，第i行第j列的值表示第i个序列和第j个序列之间的汉明距离。由于汉明距离具有对称性，因此对角线两侧的值是相等的。