我之前也碰到过一模一样的报错，折腾了好一阵才搞定，2023年在Linux上编译支持MPI的h5py其实步骤挺清晰的，给你整理了详细流程：

一、先确认MPI环境已安装 #

并行HDF5和MPI版h5py都依赖MPI环境，先检查系统有没有装：

mpicc --version

如果没输出版本信息，就用系统包管理器安装：

• Ubuntu/Debian系：

  sudo apt update && sudo apt install openmpi-bin libopenmpi-dev
  

• CentOS/RHEL系：

  sudo yum install openmpi-devel
  

安装后记得激活MPI环境，比如CentOS可能需要执行source /etc/profile.d/openmpi.sh。

二、编译安装并行版HDF5 #

默认系统自带的HDF5大多是串行版，必须自己编译并行版本：

1. 下载HDF5源码（推荐2023年的稳定版，比如1.14.3），解压后进入源码目录：

   wget https://support.hdfgroup.org/ftp/HDF5/releases/hdf5-1.14/hdf5-1.14.3/src/hdf5-1.14.3.tar.gz
   tar -xzf hdf5-1.14.3.tar.gz
   cd hdf5-1.14.3
   

2. 配置编译参数，开启并行支持并指定安装路径：

   ./configure --enable-parallel --prefix=/usr/local/hdf5-parallel
   

   这里--prefix可以改成你自己想安装的路径，比如~/local/hdf5-parallel（如果用用户目录就不用sudo）。
3. 编译并安装：

   make -j$(nproc)  # 用所有CPU核心加速编译
   sudo make install  # 如果prefix是系统目录需要sudo
   

4. 配置环境变量，让系统找到并行HDF5：
   编辑~/.bashrc或者~/.zshrc，加入：

   export HDF5_DIR=/usr/local/hdf5-parallel
   export LD_LIBRARY_PATH=$HDF5_DIR/lib:$LD_LIBRARY_PATH
   

   然后生效环境变量：

   source ~/.bashrc
   

三、编译安装支持MPI的h5py #

不能直接用pip install h5py（默认是串行版），必须从源码编译：

1. 先卸载已有的串行版h5py：

   pip uninstall -y h5py
   

2. 用pip从源码编译安装，指定MPI支持：

   HDF5_MPI=1 pip install --no-binary=h5py h5py
   

   这里HDF5_MPI=1是关键，告诉编译脚本要启用MPI支持；--no-binary=h5py强制从源码编译，不用预编译的二进制包。
   如果是从GitHub克隆h5py源码安装，进入源码目录后执行：

   HDF5_MPI=1 python setup.py install
   

四、验证是否成功 #

写个简单的测试脚本test_h5py_mpi.py：

import h5py
from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

# 用mpio驱动打开文件
with h5py.File("test_mpi.h5", "a", driver="mpio", comm=comm) as f:
    if rank == 0:
        # 进程0创建数据集
        f.create_dataset("test_data", data=[1, 2, 3, 4])
    comm.Barrier()  # 等待所有进程同步
    if rank == 1:
        # 进程1读取数据集
        print(f"Process {rank} reads data: {f['test_data'][:]}")

然后用MPI启动2个进程运行：

mpiexec -n 2 python test_h5py_mpi.py

如果没有报错，并且进程1能正确输出数据集内容，就说明MPI版h5py已经成功安装啦！

一些注意事项 #

• 如果编译时提示找不到MPI或者HDF5，先检查环境变量HDF5_DIR和LD_LIBRARY_PATH是否正确配置。
• 确保mpi4py已经安装，执行pip install mpi4py即可，它会自动链接系统的MPI环境。
• 如果用conda环境，建议先激活conda环境再执行所有步骤，避免和系统包冲突。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者JamesNULLiu