看起来你遇到的是Unity中Prefab引用场景对象的典型问题——Prefab作为脱离场景的独立资源，无法持久保存对场景内对象的引用，这就是为什么你点击Apply后看似没效果，实例化后的飞船会丢失引用的核心原因。直接拖入场景的飞船能保留引用，是因为它本身就是场景对象，引用的是同一场景内的摇杆；而Prefab是通用资源，Unity不允许它绑定到特定场景里的对象。

下面是几个可行的解决方案，按推荐程度排序：

方案1：运行时通过代码自动获取摇杆引用（最推荐） #

既然移动摇杆通常是全局唯一的UI控件，你可以在飞船的控制脚本里，在Start()或Awake()方法中通过代码自动查找摇杆组件，代替手动拖入的引用。示例代码如下：

public class PlayerShipController : MonoBehaviour
{
    private Joystick moveJoystick;

    void Awake()
    {
        // 方式1：通过组件类型全局查找（适合场景中只有一个摇杆的情况）
        moveJoystick = FindObjectOfType<Joystick>();
        
        // 方式2：通过对象名称精准查找（避免同类型组件干扰）
        // moveJoystick = GameObject.Find("MoveJoystickContainer").GetComponent<Joystick>();
    }

    // 后续逻辑中直接使用moveJoystick即可
}

这种方法彻底规避了Prefab和场景对象的绑定问题，不管飞船在哪个场景实例化，只要摇杆存在就能正常获取引用。如果摇杆是全局UI，建议把它所在的GameObject设置为DontDestroyOnLoad，确保场景切换时不会被销毁。

方案2：将摇杆转为Prefab并通过单例模式访问 #

如果摇杆需要在多个场景复用，可以把它做成Prefab，再通过单例类全局管理访问：

1. 将摇杆保存为Prefab，在初始场景中实例化后，把它的GameObject设置为DontDestroyOnLoad
2. 给摇杆添加单例管理脚本：

public class GlobalJoystick : MonoBehaviour
{
    public static GlobalJoystick Instance { get; private set; }
    public Joystick moveJoystick; // 拖入摇杆组件

    void Awake()
    {
        if (Instance != null && Instance != this)
        {
            Destroy(gameObject);
        }
        else
        {
            Instance = this;
            DontDestroyOnLoad(gameObject);
        }
    }
}

3. 飞船脚本中通过单例获取引用：

void Awake()
{
    moveJoystick = GlobalJoystick.Instance.moveJoystick;
}

方案3：使用嵌套预制件（摇杆为飞船专属UI时） #

如果每个飞船都配有专属的移动摇杆，直接把摇杆作为飞船Prefab的子对象，做成嵌套Prefab。这样在编辑Prefab时，摇杆属于Prefab内部的一部分，引用会被正常序列化保存，实例化飞船时摇杆也会一同创建，不会丢失引用。

为什么点击Apply没有效果？ #

当你在Prefab编辑模式下拖入场景中的摇杆时，Unity会自动丢弃这个引用——因为Prefab是可以在任意场景实例化的通用资源，绑定到特定场景的对象会导致Prefab在其他场景失效，所以即使你点击Apply，这个场景对象的引用也不会被保存到Prefab中。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ethan Pelton