嗨，刚好我最近在.NET 9里折腾过Fluent主题的这个场景，踩过和你一样的坑，给你几个靠谱的解决方案：

1. 最省心的XAML方案：直接用Fluent主题内置的动态资源 #

这是最简单的方法，纯XAML就能搞定，完全不需要后台代码。你只需要给你的Border（或者其他控件）的Background绑定Fluent主题专门维护的动态资源：

<Border Background="{DynamicResource WindowBackgroundBrush}" />

这个WindowBackgroundBrush是Fluent主题内置的，会自动跟着Application.ThemeMode的切换同步更新颜色——不管是从亮切暗还是暗切亮，它都会和窗口、Grid这些默认控件一样，带着平滑的过渡动画自动变化。

为什么你之前用SystemColors.WindowBrushKey不行？ #

其实是因为当前.NET 9的实验性ThemeMode功能，还没把SystemColors系列的资源和Fluent主题的亮暗切换做绑定。那些SystemColors的资源还是老的静态逻辑，不会随ThemeMode变化，所以你看到的一直是白色，切暗模式也没反应。而Fluent主题自己维护了一套动态资源字典，专门对应ThemeMode的切换，上面的WindowBackgroundBrush就是其中之一。

2. 进阶：根据控件场景选择合适的Fluent背景资源 #

如果你需要的不是窗口级的背景，而是更贴合Fluent设计规范的其他背景（比如卡片、面板的背景），Fluent主题还提供了一系列预定义的动态资源，比如：

• CardBackgroundFillColorDefaultBrush：卡片组件的默认背景色
• SurfaceBackgroundFillColorDefaultBrush：普通表面容器的背景色
• ListBoxItemBackgroundBrush：列表项的背景色
  这些资源同样是动态的，会自动跟随ThemeMode切换，你可以根据控件的使用场景选对应的键就行。

3. 代码后台的备选方案（如果XAML场景受限） #

如果因为某些原因你需要在后台代码里设置，也很简单，直接获取Fluent的动态资源就行：

// 假设你的Border控件名叫myBorder
myBorder.Background = (Brush)Application.Current.FindResource("WindowBackgroundBrush");

因为是动态资源，后续ThemeMode切换时，WPF会自动帮你更新这个Brush的颜色，不需要你手动监听ThemeMode的变化事件，省心得很。

额外注意点：确保Fluent主题是应用的默认主题 #

虽然你说其他控件（Grid、Window）都正常，但还是提一句：要确保你的App.xaml里已经正确应用了Fluent主题，新建的.NET 9 WPF项目默认会自动加，但如果手动改过资源字典的话，要确认有这段：

<Application.Resources>
    <ResourceDictionary>
        <ResourceDictionary.MergedDictionaries>
            <FluentTheme />
        </ResourceDictionary.MergedDictionaries>
    </ResourceDictionary>
</Application.Resources>

亲测这个方法完全符合你的需求，我自己的项目里用Border做容器时就是这么搞的，切主题的时候丝滑得很～