我之前也踩过CubeMX生成STM32F1时钟配置不生效、默认跑内部RC的坑，结合你提到的定时器和USART因为时钟异常出问题的情况，给你梳理下排查和解决的关键点：

首先先把你给出的SystemInit()代码片段贴出来方便对照：

void SystemInit (void) { 
  /* Reset the RCC clock configuration to the default reset state(for debug purpose) */
  /* Set HSION bit */
  RCC->CR |= (uint32_t)0x00000001;

  /* Reset SW, HPRE, PPRE1, PPRE2, ADCPRE and MCO bits */
  RCC->CFGR &= (uint32_t)0xF8FF0000;

  /* Reset HSEON, CSSON and PLLON bits */
  RCC->CR &= (uint32_t)0xFEF6FFFF;

  /* Reset HSEBYP bit */
  RCC->CR &= (uint32_t)0xFFFBFFFF;

  /* Reset PLLSRC, PLLXTPRE, PLLMUL and USBPRE/OTGFSPRE bits */
  RCC->CFGR &= (uint32_t)0xFF80FFFF;

  /* Disable all interrupts and clear pending bits  */
  RCC->CIR = 0x00000000;

  /* Configure the System clock frequency, HCLK, PCLK2 and PCLK1 prescalers */
  /* Configure the Flash Latency cycles and enable prefetch buffer */
  SetSysClock();
}

1. 先确认CubeMX的配置是否真的被保存 #

• 打开你的.ioc工程，进入Clock Configuration页面，检查你设置的目标时钟参数（比如HSE晶振频率、PLL倍频系数、总线分频比）是否正确，一定要点击顶部工具栏的Apply Configuration（对勾图标）保存配置——很多时候就是忘了这一步，导致生成代码时还是用默认模板。
• 去Project Manager -> Settings里看Toolchain/IDE选项，别勾选“Generate under root”这类可能覆盖配置的选项，避免旧文件干扰。

2. 检查SetSysClock()函数的实现 #

SystemInit()最后调用的SetSysClock()才是真正执行时钟配置的核心函数：

• 如果CubeMX正确生成了你的时钟配置，这个函数里应该有HSE使能、PLL参数设置、时钟源切换的代码；如果它只做了HSI启用的操作，说明配置根本没被应用。
• 这时候可以尝试：删除工程目录下除了.ioc之外的所有自动生成文件，关闭CubeMX再重新打开.ioc生成代码；或者新建一个空白工程，重新配置引脚和时钟，对比生成的代码差异，排查原.ioc是否损坏。

3. 确认工程编译时用的是最新生成的文件 #

有时候工程里可能残留了手动添加的旧版system_stm32f1xx.c，编译时优先链接了旧文件，导致新配置失效：

• 在IDE（Keil/STM32CubeIDE等）里检查工程文件列表，确保只有CubeMX生成的system_stm32f1xx.c被包含，旧文件要么删除要么从工程中移除。
• 清理编译缓存（比如Keil的Clean、CubeIDE的Project -> Clean），然后重新全量编译。

4. 排查是否有代码覆盖了时钟配置 #

有些时候会在main()函数开头或者其他初始化函数里手动修改RCC寄存器，覆盖了CubeMX的配置：

• 检查main.c的main()函数，以及HAL_Init()之后的代码，看是否有直接操作RCC寄存器或者调用自定义时钟配置函数的逻辑。

5. STM32F1的特殊硬件注意事项 #

• 如果用了外部晶振，要确保硬件上晶振和匹配电容已经正确焊接，否则HSE无法起振，部分HAL库版本会自动 fallback 到HSI。可以通过读取RCC->CR寄存器的HSERDY位来判断HSE是否成功起振。
• 去CubeMX的Pinout & Configuration -> RCC选项，确认HSE模式设置的是Crystal/Ceramic Resonator，而不是默认的Disabled。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者AC Voltage