嘿，针对你的这两个问题，我结合统计实践给你拆解清楚：

1. 合并方差分析（Pooled ANOVA）中基因型、环境及GxE互作的百分比方差计算 #

首先得明确：这里说的「百分比方差」，一般指的是各因素的方差分量占总方差的比例——毕竟我们做合并ANOVA（常用来分析多环境试验数据），核心就是要搞清楚不同变异来源的实际贡献，用方差分量来衡量会更准确。具体步骤如下：

第一步：先搞定合并ANOVA的基础表格 #

你得先把合并方差分析的结果算出来，得到这些关键数值：

• 基因型的平方和（SS_G）、自由度（df_G）、均方（MS_G）
• 环境的平方和（SS_E）、自由度（df_E）、均方（MS_E）
• 基因型×环境互作（GxE）的平方和（SS_GE）、自由度（df_GE）、均方（MS_GE）
• 误差的平方和（SS_error）、自由度（df_error）、均方（MS_error）
• 总平方和（SS_total = SS_G + SS_E + SS_GE + SS_error）

第二步：估算各因素的方差分量 #

这里要注意，我们得用随机效应模型来估算（因为基因型、环境、GxE都是我们从总体中抽样的变异来源），公式是：

• 误差方差分量（σ²_error）= MS_error
• GxE互作方差分量（σ²_GE）= (MS_GE - MS_error) / r （r是每个基因型-环境组合的重复次数）
• 基因型方差分量（σ²_G）= (MS_G - MS_GE) / (e*r) （e是环境的数量）
• 环境方差分量（σ²_E）= (MS_E - MS_GE) / (g*r) （g是基因型的数量）

第三步：计算百分比方差 #

先算出总方差：σ²_total = σ²_G + σ²_E + σ²_GE + σ²_error
然后各因素的百分比方差就是：

• 基因型百分比方差 = (σ²_G / σ²_total) × 100%
• 环境百分比方差 = (σ²_E / σ²_total) × 100%
• GxE互作百分比方差 = (σ²_GE / σ²_total) × 100%

如果有人说的「百分比方差」是指平方和占总平方和的比例（和你第二个问题的% Total SS类似），那直接用「对应因素SS / SS_total ×100%」就行，但方差分量的比例更能反映实际的变异贡献哦。

2. 基因型稳定性分析中变异百分比（% Total SS）的估算及Excel手动计算 #

估算方法 #

这里的% Total SS就是各因素的平方和占总平方和的比例，用来直观展示环境、基因型、GxE这三个变异来源分别贡献了多少总变异，步骤非常直接：

1. 先通过ANOVA算出环境（SS_E）、基因型（SS_G）、GxE互作（SS_GE）以及总平方和（SS_total）
2. 每个因素的% Total SS = (对应因素的SS / SS_total) × 100%

比如环境导致的变异百分比就是(SS_E / SS_total)×100%，基因型的就是(SS_G/SS_total)×100%，以此类推。

能不能用Microsoft Excel手动计算？ #

完全可以！哪怕不用Excel的数据分析工具库（用工具库会更快，但手动算也没问题），给你捋一遍手动操作的步骤：

• 第一步：整理数据：把试验数据做成表格，行放基因型，列放环境，每个单元格是对应基因型在该环境下的观测值（如果有重复，要么先算每个组合的均值，要么保留所有重复值）
• 第二步：算各类均值：
  • 用AVERAGE()算出每个基因型的总均值（行均值）
  • 算出每个环境的总均值（列均值）
  • 算出所有数据的总均值（grand mean）
• 第三步：计算各平方和：
  • 总平方和SS_total：用SUMSQ()函数，把每个观测值减去总均值后的平方全部加起来
  • 基因型平方和SS_G：每个基因型的均值减去总均值的平方，乘以该基因型的观测总数（环境数×重复数），然后把所有基因型的结果加起来
  • 环境平方和SS_E：每个环境的均值减去总均值的平方，乘以该环境的观测总数（基因型数×重复数），然后把所有环境的结果加起来
  • GxE互作平方和SS_GE：可以先算「每个基因型-环境组合的均值减去总均值的平方，乘以重复数」，全部相加得到SS_G+E+GE，再减去SS_G和SS_E，就得到SS_GE；或者直接算每个观测值减去基因型均值、环境均值，再加总均值，平方后求和
• 第四步：计算% Total SS：把每个因素的SS除以SS_total，再乘以100%就搞定了

Excel里的SUMSQ()、COUNT()这些函数能帮你省不少手动计算的功夫，哪怕数据量不大，手动算也完全可行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Lakshmi Pathy