我帮很多部署Rails应用的开发者解决过这个问题，这个警告本质是Passenger出于安全考虑，禁止以root用户运行（避免权限升级风险），下面是一步步的修复方案，亲测有效：

1. 创建一个专用的系统用户（如果还没有） #

为了最小化权限风险，最好给你的Rails应用创建一个独立的系统用户，不要用root或者其他共用用户。执行以下命令：

# 创建带家目录的用户，这里用railsapp作为示例，你可以换成自己的用户名
sudo useradd -m -d /home/railsapp -s /bin/bash railsapp
# 可选：设置用户密码（如果需要登录的话）
sudo passwd railsapp

如果不需要该用户登录系统，可以加上-r参数创建系统用户：sudo useradd -r -m -d /home/railsapp -s /bin/bash railsapp

2. 修改Apache配置，指定Passenger运行用户 #

找到你的Passenger配置文件，通常在/etc/apache2/mods-available/passenger.conf，或者你的Rails应用虚拟主机配置文件（比如/etc/apache2/sites-available/your_app.conf）。在配置中添加或修改以下两行：

PassengerUser railsapp
PassengerGroup railsapp

这里的railsapp就是你刚才创建的用户名（默认用户组和用户名同名，所以直接用即可）。

3. 调整Rails应用目录的权限 #

确保你的应用目录和文件的所有权属于刚才创建的用户，这样Passenger才能正常读取和运行应用：

# 替换成你的Rails应用实际路径
sudo chown -R railsapp:railsapp /var/www/your_rails_app
# 设置合理的目录权限，保证Apache和Passenger能访问
sudo chmod -R 755 /var/www/your_rails_app

注意：如果应用有需要写入的目录（比如tmp、log），可以单独设置更宽松的权限：sudo chmod -R 775 /var/www/your_rails_app/tmp /var/www/your_rails_app/log

4. 重启Apache服务使配置生效 #

# 基于systemd的系统（比如Ubuntu 16.04+、Debian 9+）
sudo systemctl restart apache2
# 旧版本用service命令
sudo service apache2 restart

5. 验证修复是否成功 #

执行以下命令查看Passenger进程的运行用户：

ps aux | grep passenger

你应该能看到所有Passenger相关进程的用户都是railsapp，而不是root。同时检查Apache错误日志（/var/log/apache2/error.log），那个权限升级警告应该不会再出现了。

额外提示（如果用Passenger Standalone） #

如果你不是用Apache集成，而是用Passenger Standalone启动应用，启动时需要指定用户参数：

passenger start --user railsapp --port 3000

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Szalbik