嗨，我刚好碰到过一模一样的问题，给你几个亲测有效的解决思路：

方法一：用Cytoscape内置工具直接处理parent属性 #

这是最直接的办法，适合已经导入数据后的场景：

• 导入GraphML文件后，先去左侧的Node Table里确认一下，所有节点的parent属性已经成功加载（找不到的话可以刷新一下属性列表）
• 点击顶部菜单栏的 Tools -> Group -> Create Groups from Attribute
• 在弹出的对话框里，选中parent作为分组依据的属性，点OK就行。Cytoscape会自动把拥有相同parent值的节点归到对应的组里，还会自动创建以parent值命名的组节点

方法二：导出GraphML前在NetworkX里提前配置组结构 #

如果能控制NetworkX的导出流程，这个方法更高效，导入后直接就能看到组：
你可以在NetworkX里给组节点添加Cytoscape识别的专属属性，代码示例如下：

import networkx as nx

# 创建主图
G = nx.Graph()

# 添加组节点和下属节点
G.add_node("Group_A")
G.add_node("Node_1", parent="Group_A")
G.add_node("Node_2", parent="Group_A")
G.add_node("Group_B")
G.add_node("Node_3", parent="Group_B")

# 关键步骤：给组节点添加"cy:group"属性，值设为"collapsed"或"expanded"
nx.set_node_attributes(G, {"Group_A": "collapsed", "Group_B": "expanded"}, "cy:group")

# 导出GraphML
nx.write_graphml(G, "grouped_graph.graphml")

导出的文件导入Cytoscape后，会自动识别组结构，不需要额外操作

方法三：用Cytoscape命令行批量处理 #

如果需要批量处理多个文件，命令行方式更快捷：
打开终端，执行这条命令（前提是Cytoscape已经启动，并且命令行工具配置好了）：

cytoscape commands execute group create attribute="parent"

这条命令会直接基于已加载图的parent属性自动创建所有组

额外注意事项 #

• 要确保parent属性对应的节点确实存在于图里，不然Cytoscape会忽略那些没有父节点的条目
• 如果导入后找不到parent属性，检查下NetworkX导出时有没有正确保留属性，GraphML默认会保留，但尽量避免属性名里有特殊字符

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Brad Downey