先直接梳理你操作里的几个核心错误点：

关键错误点 #

• 误用conda package命令：这个命令的作用是从已安装的包中提取出单个conda包文件（.tar.bz2），根本不是用来打包你的本地源码编译程序和环境变量脚本的。你用它生成的内容完全不是标准的可安装conda包，目标机器找不到文件是必然结果。
• 跨版本conda兼容问题：源机器conda 4.4.7和目标机器4.3.29版本差距较大，conda env export导出的yml文件在低版本conda上可能存在解析问题，而且部分命令行为有差异（比如source activate在高版本已被conda activate替代，但低版本仍依赖前者），可能导致环境加载不完整。
• 自制包未按标准流程构建：你直接把本地编译程序和脚本放进环境，没有用conda-build将其封装成标准conda包。这种情况下，即使导出了环境yml，目标机器也无法自动识别并获取这些自定义内容，更没法通过conda install安装。
• 本地channel配置不规范：即使你把包放在本地目录，也需要确保conda能正确识别这个channel——比如你可能没添加正确的绝对路径，或者没有用conda index命令生成/更新索引文件，导致conda找不到包的元数据。

正确的可复现环境工作流 #

第一步：将本地源码程序封装为标准conda包 #

这是实现环境可复现的核心，必须把自定义程序和环境变量脚本做成conda能识别的包：

1. 创建conda包构建目录结构：

   my-custom-tool/
   ├── meta.yaml
   ├── build.sh
   └── bld.bat  # 不需要Windows支持可忽略
   

2. 编写meta.yaml定义包的基础信息、依赖与安装规则：

   package:
     name: my-custom-tool
     version: 0.1
   build:
     number: 1
   requirements:
     build:
       - gcc  # 编译源码所需的依赖
     run:
       - python  # 程序运行依赖的环境组件
   about:
     home: /path/to/your/source-code
     license: MIT
     summary: Custom compiled tool with environment scripts
   

3. 编写build.sh处理编译与环境脚本安装：

   # 编译你的源码
   cd /path/to/your/source-code
   make
   make install PREFIX=$PREFIX
   
   # 将环境变量脚本安装到conda环境的自动加载目录
   mkdir -p $PREFIX/etc/profile.d/
   cp your-env-script.sh $PREFIX/etc/profile.d/
   

4. 用conda-build构建包：

   conda build my-custom-tool/
   

   构建完成后，conda会输出包的存放路径，一般在conda-bld/linux-64/目录下（对应Linux x86_64系统）。

第二步：导出包含自制包的环境 #

1. 先在源机器的目标环境中安装刚构建的自制包：

   conda install --use-local my-custom-tool
   

2. 导出兼容跨版本的环境yml：

   conda env export --no-builds > myenv.yml
   

   加上--no-builds可以避免不同系统build号不兼容的问题，更适合跨机器迁移。

第三步：在目标机器部署环境 #

1. 将源机器的自制包文件（比如my-custom-tool-0.1-1.tar.bz2）和myenv.yml复制到目标机器。
2. 创建本地channel目录并生成索引：

   mkdir -p ~/conda-local-channel/linux-64/
   cp /path/to/my-custom-tool-0.1-1.tar.bz2 ~/conda-local-channel/linux-64/
   conda index ~/conda-local-channel/
   

   这一步会生成.index.json和repodata.json等索引文件，确保conda能识别到包。
3. 配置本地channel优先级：

   conda config --add channels file:///home/your-username/conda-local-channel/
   conda config --set channel_priority strict
   

   注意路径必须是绝对路径，且不能省略file://协议。
4. 创建并激活环境：

   conda env create -f myenv.yml
   source activate myenv  # 目标机器是conda 4.3，使用该激活命令
   

   此时conda会自动从本地channel安装自制包，环境变量脚本因放在etc/profile.d目录，激活环境时会自动加载。

额外注意事项 #

• 源机器Ubuntu 16.04和目标机器Scientific Linux 7.4都是Linux x86_64系统，编译的包可以兼容；如果跨系统（如Linux→Windows）则需要重新编译。
• 尽量保持conda版本一致，若无法升级目标机器conda，--no-builds参数能大幅减少兼容问题。
• 若仍出现PackageNotFoundError，可执行conda search my-custom-tool --channel file:///home/your-username/conda-local-channel/检查conda是否能找到包，排查索引或路径问题。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tobias