首先得说，你的担心完全合理——明文输入令牌或者手动管理确实有安全风险，GitHub也不推荐这么做。Linux下有好几类成熟的安全解决方案，和SourceTree的令牌存储逻辑类似，都是依赖加密的系统级凭据存储或专门工具，下面给你详细拆解：

一、Git内置凭据助手（最推荐的极简方案） #

Git自带了多类凭据管理工具，Linux下最常用的是libsecret（对接GNOME Keyring等系统原生钥匙串），它会把令牌加密存储在系统的安全存储池里，完全不用你手动干预，步骤超简单：

1. 先确保系统安装了依赖包：
   • Debian/Ubuntu系：sudo apt install libsecret-1-0 libsecret-1-dev
   • Fedora/RHEL系：sudo dnf install libsecret-devel
2. 配置Git全局使用这个凭据助手：

   git config --global credential.helper libsecret
   

3. 正常执行git push，第一次会弹出系统钥匙串验证窗口（或终端提示输入）：用户名填GitHub账号，密码栏直接输入你的个人访问令牌。
4. 完成一次验证后，Git会自动把令牌加密存在系统钥匙串里，后续所有push/pull操作都不用再手动输入凭据——全程无明文存储，安全又省心。

如果你的桌面环境没有GNOME Keyring，也可以用临时缓存模式（令牌只存在内存，重启后自动清除）：

git config --global credential.helper 'cache --timeout=3600'

这个会把令牌在内存里保留1小时，期间不用重复输入，适合临时使用场景。

二、SSH密钥替代PAT（更便捷的长期方案） #

其实除了PAT，GitHub更推荐用SSH密钥做认证，这个方案连令牌都不用管，安全性拉满：

1. 生成SSH密钥对（一路回车用默认设置即可，也可以给密钥加个密码增强安全性）：

   ssh-keygen -t ed25519 -C "your_email@example.com"
   

2. 把公钥文件（~/.ssh/id_ed25519.pub里的全部内容）复制到GitHub账户的「SSH密钥」设置页面
3. 将本地仓库的远程URL从HTTPS切换为SSH：

   git remote set-url origin git@github.com:你的用户名/仓库名.git
   

之后再执行git push就完全不用输入任何内容了，SSH会自动完成加密认证，密钥本身也是加密存储在本地的，比PAT更省心。

三、第三方命令行密码管理器（进阶用户可选） #

如果你习惯用命令行密码管理工具（比如基于GPG加密的pass），也可以配合Git的凭据助手集成，把令牌存在加密的密码仓库里，需要时自动调用。不过这个步骤稍复杂，适合对命令行工具熟悉的用户。

补充：你的理解有没有偏差？ #

你之前觉得“需要明文存储令牌或借助密码管理器”只说对了一半——借助系统级加密密码管理器是完全安全的，这也是官方推荐的标准方式，明文存储才是需要绝对避免的。所以你的安全意识很到位，只是没找到正确的工具路径而已。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nav