我帮你找到了两个核心问题，咱们一步步修复：

1. SNP位置数据生成错误 #

你循环生成SNP_positions的时候，错误地用了chr = chr（这里的chr是整个1:11的向量），导致每一行的chr列都包含所有染色体编号，数据框结构完全混乱，这是直方图不显示的根本原因。

另外，循环中反复rbind效率很低，建议用lapply批量生成数据再合并：

chr = 1:11
nb_SNP = 1000
# 批量生成每个染色体的SNP位置，再合并成数据框
SNP_positions <- do.call(rbind, lapply(chr, function(c) {
  data.frame(
    chr = c,  # 这里用循环变量c，对应当前染色体编号
    position = sample(1:5000000, nb_SNP, replace = TRUE)
  )
}))

2. 绘图细节优化（让背景矩形和直方图匹配） #

虽然你的矩形数据df_chr没问题，但绘图时需要两个调整来让背景和直方图协调：

• 给geom_rect加上inherit.aes=FALSE，避免它继承主图层的SNP数据；
• 开启facet_wrap的scales="free_x"，让每个染色体的x轴自适应其长度；
• 可以隐藏填充图例，因为分面已经显示了染色体编号，避免重复。

修正后的绘图代码：

library(ggplot2)

MarkerDensity <- ggplot(SNP_positions) + 
  # 绘制染色体背景矩形，inherit.aes=FALSE确保用df_chr的数据
  geom_rect(data = df_chr, aes(xmin = xmin, xmax = xmax, fill = as.factor(chr)),
            ymin = -Inf, ymax = Inf, alpha = 0.5, inherit.aes = FALSE) + 
  # 绘制直方图，加上边框让柱子更清晰
  geom_histogram(aes(x=position), binwidth=1000, color="black", fill="white") + 
  # 分面并自适应x轴
  facet_wrap(~chr, ncol=3, scales="free_x") + 
  ggtitle("SNP density over E. grandis genome") + 
  xlab("Genomic position (1 Kb)") + 
  ylab("Number of SNPs") + 
  theme_bw() +
  # 隐藏填充图例，避免与分面重复
  scale_fill_discrete(guide="none")

plot(MarkerDensity)

运行修正后的代码，你就能看到每个染色体的直方图和对应的背景色块了。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Ehones