我来帮你搞定这个安装报错的问题，从错误日志能看出来，核心是权限不足无法写入Biobase的PDF文档文件，哪怕用管理员身份启动R也没解决，试试下面这几个针对性的方法：

方法1：换个有完全权限的R包安装路径 #

默认的R包安装目录C:/Users/Myname/Documents/R/win-library/3.6/可能被Windows系统的权限策略限制了。你可以指定一个自己完全掌控的路径，比如D盘下的专属文件夹：

# 先创建目标目录（如果还没的话）
dir.create("D:/R-packages/", recursive = TRUE)
# 把这个目录加入R的包搜索路径
.libPaths(c("D:/R-packages/", .libPaths()))
# 重新执行GEOquery安装命令
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE)) install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("GEOquery")

这个方法直接绕开了系统可能限制的用户文档目录，用你完全有权限的路径来安装包，大概率能解决权限问题。

方法2：手动下载包后本地安装 #

如果换路径还是不行，试试手动操作来避开自动解压的权限问题：

1. 去Bioconductor对应R3.6.3的版本页面，下载你错误里提到的几个包的zip文件：Biobase_2.46.0.zip、limma_3.42.2.zip、BiocVersion_3.10.1.zip、GEOquery_2.54.1.zip
2. 右键每个zip包，选择「提取到当前文件夹」，确保解压过程中没有弹出权限提示
3. 打开RStudio，用本地安装命令（把下面的你的解压路径换成实际的文件夹位置）：

install.packages("你的解压路径/Biobase", repos = NULL, type = "source")
install.packages("你的解压路径/limma", repos = NULL, type = "source")
install.packages("你的解压路径/BiocVersion", repos = NULL, type = "source")
install.packages("你的解压路径/GEOquery", repos = NULL, type = "source")

方法3：检查杀毒软件的拦截 #

有时候Windows Defender或者第三方杀毒软件会把R写入PDF文档的操作当成可疑行为拦截掉。你可以临时关闭杀毒软件的实时保护，然后重新运行安装命令，安装完成后再把保护打开就行。

方法4：给默认安装目录加完全权限 #

如果你坚持要用默认的安装路径，可以手动修改文件夹的权限：

1. 右键C:/Users/Myname/Documents/R/win-library/3.6/文件夹，选择「属性」→「安全」标签
2. 点击「编辑」，选中你的用户账户，勾选「完全控制」的允许选项
3. 点击「应用」和「确定」，重启RStudio后再尝试安装

另外提一句，你的R版本3.6.3和对应的Bioconductor 3.10版本都已经停止维护了，后续安装其他包可能还会遇到兼容性或者权限类的问题，建议有空的时候升级到较新的R版本（比如4.3.x），新版本的权限管理和生态兼容性都会更好。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Béa