我来帮你拆解这个问题的核心原因，以及对应的解决办法：

为什么两种操作会有差异？ #

1. BitBake预构建完成了关键的资源准备 #

当你先运行bitbake linux-xlnx再执行devtool modify linux-xlnx时，BitBake已经帮你完成了这些核心步骤：

• 从SRC_URI（包括你bbappend里追加的自定义文件）拉取所有资源到${WORKDIR}
• 切换到Recipe指定的内核分支，并应用了所有补丁（包括你的0001-MyPatch.patch）
• 执行了do_configure阶段，完成了my_debug.c的复制操作

此时devtool是基于BitBake已经处理好的完整工作区来创建可编辑环境，自然一切符合预期。

2. 直接devtool modify的默认行为限制 #

直接运行devtool modify linux-xlnx时，devtool的默认逻辑是只克隆基础Recipe的源码仓库，不会自动处理bbappend里的额外配置：

• 不会自动拉取你bbappend中SRC_URI追加的defconfig、my_debug.c和补丁文件
• 不会自动切换到BitBake构建时使用的内核分支（默认拉取仓库的默认分支）
• 不会执行do_configure阶段的追加操作，所以my_debug.c的复制会因文件不存在而失败

这就是为什么你会遇到分支不匹配、补丁无法应用、文件找不到的问题——devtool默认没有复现BitBake的完整预处理流程。

正确的操作流程（无需完整预构建内核） #

你不需要先完整构建内核，只需要让devtool补全BitBake的预处理步骤即可：

1. 初始化devtool工作区：

   devtool modify linux-xlnx
   

2. 触发fetch和unpack步骤，获取bbappend里的所有资源：

   devtool build linux-xlnx --tasks fetch unpack
   

3. 应用补丁并执行配置阶段：

   devtool build linux-xlnx --tasks patch configure
   

4. 现在进入devtool工作区，就能看到正确的分支、已应用的补丁，以及my_debug.c已经被复制到目标目录了

额外优化建议 #

• 如果你明确知道内核分支，可以在modify时直接指定，避免分支不匹配：

  devtool modify linux-xlnx -b <your-target-kernel-branch>
  

• 提前执行bitbake linux-xlnx -c fetch，让所有资源先下载到本地镜像，devtool会自动复用这些资源，减少重复下载

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Johan L