Bio-OS的交互式分析环境集成了Jupyter Notebook.
Jupyter Notebook是一个开源分析环境，您可以在其中通过交互式分析和可视化效果实时了解研究数据。您可以导入数据——包括存储在云中的已处理基因组学、表型和转录组学数据——并使用 R 或 Python 中的自定义或预建库进行分析。
Jupyter Notebooks 环境可供新手使用，并具有可移植性和可重复性。Notebooks以易于理解和分享的形式将分析方法和发现结合在一个地方。作为传统科学论文的逻辑演变，Jupyter Notebook极大地缩短了阅读分析完成方式和实际重现分析之间的路径。很难夸大这个概念的强大程度以及Notebooks对计算科学中发现的可重用性和可重复性的影响。
切换运行配置
Notebook支持切换Notebooks的运行资源，可以切换应用配置以及资源配置。应用配置主要是选择启动的默认镜像，资源配置则可以选择资源规格。
点击【运行资源配置】
选择应用配置和资源配置
点击更新环境（如果当前Notebook实例已经启动，点击更新环境将会删除实例并重新启动）
应用配置
应用配置中支持2种类型的镜像来源，分别为预设镜像以及自定义镜像
预设镜像：
自定义镜像
自定义镜像中支持两种类型，一种是镜像存档，镜像存档只能获取通过Notebook保存镜像功能保存的镜像，镜像会保存在用户账号下的镜像仓库中，并且以bioos_auto为前缀，用户镜像仓库中的其他镜像无法作为Notebook启动镜像，另外一种是镜像URL，您可以复制镜像的地址来启动镜像，Notebook启动过程中会拉取镜像并以容器形式启动。
- 镜像缓存： 当镜像过大时，首次拉取可能超时，当您有镜像缓存额度时，会自动将为镜像制作镜像缓存，后续启动时会以镜像缓存进行启动，可减少镜像拉取时间，目前账号默认镜像缓存额度为5个，如您有更多镜像缓存需求，可创建工单联系。
资源配置
资源配置中分为计算资源和存储规格，计算资源包括cpu和内存，存储规格则是Notebook所挂载的云盘存储大小，您可以按照需求选择所需要的资源启动Notebook。启动Notebook会在集群中申请对应的资源用量进行启动。以下为当前Notebook支持的规格表。
计算资源规格如下所示：
| vCPU | 内存 | 备注 |
|---|---|---|
| 1 | 2 | |
| 1 | 4 | |
| 1 | 8 | |
| 2 | 4 | |
| 2 | 8 | |
| 2 | 16 | |
| 4 | 8 | |
| 4 | 16 | |
| 4 | 32 | |
| 8 | 16 | |
| 8 | 32 | |
| 8 | 64 | |
| 16 | 32 | |
| 16 | 64 | |
| 16 | 128 | |
| 24 | 192 | |
| 32 | 64 | 仅北京区域 |
| 32 | 128 | 仅北京区域 |
| 32 | 256 | |
| 64 | 128 | 仅北京区域 |
| 64 | 256 | 仅北京区域 |
存储规格默认为Bio-OS免费提供的20G的云盘，您可以对云盘进行扩容，但扩容后不支持缩容，扩容后，您需要为超过20G的额外存储进行付费。当您首次创建环境后可以选择删除环境，删除环境会删除对应的云盘以及环境配置，删除云盘会删除Notebook云盘中所有数据，但不影响对象存储中的数据（启用对象存储需打开存储配置）
存储配置
Notebooks中默认使用ebs弹性快存储，但是您也可以使用对象存储作为存储对象，当您想要在Notebook中直接读取在工作流的输出结果，可以打开存储配置，并完成密钥配置（密钥主要是为了允许Bio-OS访问您的对象存储桶）后，即可在Notebook中直接读取当前Notebook所在Workspace对应的对象存储桶， 对象存储桶在文件目录中显示为tos_data.
- 密钥配置
- 点击【集群管理】-【专属集群】-【密钥配置】
- 输入Access Key 和Secret Access Key后点击确定
Notebook运行配置中打开【存储配置】，点击更新环境
编辑Notebook之后，在左侧文件列表中会出现 tos_data 文件夹，即为当前Workspace绑定的tos对象存储桶
创建新的Notebook
- 点击新建Notebook，并输入名称和选择语言。目前支持的语言有Python和R语言。
- 点击右侧编辑按钮可以对notebook进行编辑。
- 在 notebook 中运行代码单元的方法有以下三种：
选择单元格并按键盘上的
Shift+Enter（您的键盘可能会显示“return”而不是“enter”）。单击菜单栏中的运行图标。
使用Cell 下拉菜单中的适当命令。
说明
单元格是Notebook的组成部分。每个单元格都有一个“类型”（Code/Markdown/Raw NBConvert/Heading），它决定了应用程序计算将如何解释单元格中的指令。
代码单元如何运行？
当您运行代码单元时，Jupyter计算内核将读取代码，并将这些指令传递到运行Jupyter的实际操作系统（例如 Python、R），并检索结果以在笔记本中显示它们。 当命令运行时，命令的输出日志出现在代码单元的正下方。
如果单元格中的代码与内核的语言不匹配，则应用程序计算将返回错误。如果未指定输出，则通过注意单元格左侧方括号 [ ] 中的数字，您将知道代码已成功执行。
如何知道代码是否执行
首次启动笔记本时，每个代码单元左侧的方括号为空 []，表示这些单元在此会话期间尚未运行。括号 [*] 中的星号表示单元正在运行。一旦命令被执行，星号将被一个整数代替，该整数表示自内核启动以来执行的命令数。您可以多次执行同一个单元格，或在一个单元格中执行多条命令。
如果您通过转到下拉菜单单元格>所有输出并选择“清除”来清除输出，则整数括号将再次被空括号替换。但是，如果您重新启动内核，整数计数只会重置为零。
如何在Markdown单元格中编辑内容
Notebook不仅能进行python或者R语言代码运行，单元格也支持编辑Markdown格式的内容，首先请将单元格类型切换到Markdown，如下图所示。然后请双击要编辑的单元格。
说明
Markdown 是一种轻量级的纯文本格式化语言。它用简洁的语法代替排版，而不像一般我们用的文字处理软件 Word 或 Pages 有大量的排版、字体设置。以下为一些语法举例：
在 Markdown 中，如果一段文字被定义为标题，只要在这段文字前加 # 号即可。
如：# 一级标题
如果你需要引用一小段别处的句子，那么就要用引用的格式。只需要在文本前加入 > 这种尖括号（大于号）即可。
插入链接与插入图片的语法很像，区别在一个 !号
图片为：![](){ImgCap}{/ImgCap}
链接为：[]()
在Notebook中保存镜像
Bio-OS支持将当前Notebook后安装的包构建为新的镜像并保存到镜像仓库中。保存镜像会由平台基于用户启动Notebook时所选择的镜像加上用户在Notebook中额外安装的工具重新构建新的镜像并保存在用户的镜像仓库中。
- 点击Notebook右上角【保存镜像】按钮
保存镜像中输入对应信息
镜像仓库实例： 会获取您账号下的镜像仓库实例，如首次保存镜像，需要对镜像仓库实例进行授权，授权后拉取镜像会以内网形式拉取
命名空间： 对应镜像仓库实例下的命名空间，选择后保存的镜像将以 bioos_auto_为前缀存放
镜像名称： 默认以bioos_auto为前缀，
支持小写英文、数字、分隔符（分隔符可输入一个.或/、一个或多个-、一个或两个_，且分隔符不能出现在首位或末位，不能连续出现）
长度 2～53 个字符
镜像版本：
不能以“-”、“.”开头
支持字母、数字、及“-”、“_”、“.”
长度 1～128 个字符
镜像类型： 将保存的镜像设置为公有或者私有，如覆盖了原有镜像，则这个设置不会改变原有镜像类型
描述： 最多300字符
- 点击【下一步】，这里额外工具包中会显示不在基础镜像中的用户安装工具，您可以选择删除或者添加新的工具，请注意这里有些包可能是通过依赖安装的，删除可能导致部分包无法使用。如无法通过包管理工具进行安装，也可以将脚本写在post-install中，打包镜像过程中会执行Post-install脚本（镜像过大可能导致镜像保存失败，由于GATK和Bioconductor镜像较大，建议通过datascience镜像启动并安装包后做镜像保存）
- Notebook退出不会影响镜像保存，此时在Notebook列表页点击如下截图中箭头查看镜像保存记录。如镜像保存失败可查看失败日志，如镜像保存成功则可以跳转镜像仓库查看镜像
