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使用plot()绘制带向量的NMDS图时标签文本重叠问题求助

plot()绘制带向量的NMDS图时标签文本重叠问题求助

大家好,我在用plot()函数绘制带向量的NMDS图时遇到了标签文本重叠的问题,有没有大佬能帮忙看看怎么解决呀?谢谢啦!

这是我得到的图:
NMDS标签重叠效果图

以下是我使用的完整代码:

dat1 <- read.csv("nmdsRefinedMetaTable.csv", row.names = 1)

soiltype <- dat1[, 1]
dat1 <- dat1[, -1]

head(dat1)
soiltype

# 将分类变量转为数值型
dat1$Farm <- as.numeric(as.factor(dat1$Farm))
dat1$Textural.Class <- as.numeric(as.factor(dat1$Textural.Class))

library(ecodist)
# 计算欧氏距离
dm <- distance(scale(dat1), "euclidean")
# 进行NMDS分析
nmds_out <- nmds(dm, mindim = 2, maxdim = 2)
scores <- nmds.min(nmds_out)
# 查看压力值
nmds_out$stress

# 设置分组和颜色
mygroups <- sort(unique(soiltype))
mycol <- c("#000000", "#E69F00", "#56B4E9")

# 绘制NMDS散点图
plot(scores, pch = 19, col = mycol[as.factor(soiltype)])

# 计算并绘制向量
vectors <- vf(scores, dat1, nperm = 10)
plot(vectors, col = "red", cex = 1, vjust = 1, hjust = 1)

library(vegan)
# 添加置信椭圆
ordiellipse(scores, soiltype, conf = 0.6, col = mycol, show.groups = mygroups)

备注:内容来源于stack exchange,提问作者Joannee

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最近更新时间:2026.04.21 15:08:13