使用plot()绘制带向量的NMDS图时标签文本重叠问题求助
plot()绘制带向量的NMDS图时标签文本重叠问题求助
大家好,我在用plot()函数绘制带向量的NMDS图时遇到了标签文本重叠的问题,有没有大佬能帮忙看看怎么解决呀?谢谢啦!
这是我得到的图:
NMDS标签重叠效果图
以下是我使用的完整代码:
dat1 <- read.csv("nmdsRefinedMetaTable.csv", row.names = 1) soiltype <- dat1[, 1] dat1 <- dat1[, -1] head(dat1) soiltype # 将分类变量转为数值型 dat1$Farm <- as.numeric(as.factor(dat1$Farm)) dat1$Textural.Class <- as.numeric(as.factor(dat1$Textural.Class)) library(ecodist) # 计算欧氏距离 dm <- distance(scale(dat1), "euclidean") # 进行NMDS分析 nmds_out <- nmds(dm, mindim = 2, maxdim = 2) scores <- nmds.min(nmds_out) # 查看压力值 nmds_out$stress # 设置分组和颜色 mygroups <- sort(unique(soiltype)) mycol <- c("#000000", "#E69F00", "#56B4E9") # 绘制NMDS散点图 plot(scores, pch = 19, col = mycol[as.factor(soiltype)]) # 计算并绘制向量 vectors <- vf(scores, dat1, nperm = 10) plot(vectors, col = "red", cex = 1, vjust = 1, hjust = 1) library(vegan) # 添加置信椭圆 ordiellipse(scores, soiltype, conf = 0.6, col = mycol, show.groups = mygroups)
备注:内容来源于stack exchange,提问作者Joannee
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