以下是针对性的排查和修复步骤：

• 检查「文件与链接」核心设置
  打开Obsidian设置，进入「文件与链接」：

  • 将「新链接的位置」设为「在指定的文件夹中」，并选择你预设的每日笔记路径；
  • 确认「链接格式」为「相对路径到文件」或「绝对路径」，避免因路径解析逻辑导致生成位置偏差。

• 强制Periodic Notes覆盖核心设置
  进入Periodic Notes插件设置的「Daily Notes」板块：

  • 开启「Override core plugin settings」选项，让Periodic Notes的路径规则优先生效；
  • 核对「Filename format」与你日常使用的日期链接格式完全一致（比如链接是[[2024-05-20]]，格式就设为YYYY-MM-DD）。

• 统一Calendar插件的联动配置
  打开Calendar插件设置：

  • 在「Daily Notes Plugin」选项中选择「Periodic Notes」，保持插件间的管理逻辑统一；
  • 确认「New Note Location」与你设置的每日笔记路径一致。

• 清理缓存并重启Obsidian
  关闭Obsidian后，按住Shift键重新打开（进入安全模式），再退出重启正常模式；或者直接删除Vault目录下.obsidian/plugins里的缓存文件，插件缓存可能导致设置不生效。

• 确保日期链接格式匹配
  手动创建的日期链接格式必须和插件设置的文件名格式完全一致，比如不要出现[[5/20/2024]]和YYYY-MM-DD格式不匹配的情况——格式不匹配会让Obsidian无法识别为每日笔记，从而默认在根目录生成文件。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者np20