VMD中如何将坐标轴设置在模拟盒中心？

在VMD主窗口选择Display->Axes->Origin时，XYZ坐标轴默认显示的是原子构成的物质点质心，而非模拟盒的真实中心。你已经通过以下命令绘制了以原点为中心的粉色模拟盒：

set cell [pbc set {32. 32. 150.} -all]
pbc box -center origin -width 1 -color pink

有两种方法可以将坐标轴放置到模拟盒中心：

1. 图形界面操作 #

• 打开VMD的Graphics菜单，点击Reset View，视图中心会自动定位到模拟盒的几何中心，坐标轴也会同步移动到该位置。
• 或者直接在Display菜单中选择Axes->Center，这个选项会直接将坐标轴锚定到模拟盒中心。

2. 命令行操作 #

如果习惯用命令行，在VMD的Tk控制台输入以下命令即可：

axes location center

后续如果视图发生偏移，重复上述操作就能重新将坐标轴定位回模拟盒中心。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者quantax