如何自动解决Environment-Modules模块依赖问题？

我有多个使用module load调用程序的SBATCH脚本。某次作业在SLURM队列等待18小时后，仅运行3秒就因module load执行失败终止——原因是IT部门修改了目标程序的依赖。查过Environment-Modules官方文档，没找到自动解决依赖的方案，我不想用固定程序版本的临时办法，希望通过解析module load的输出来自动确定并加载依赖。

以下是手动加载pharokka的完整过程：

$ module load pharokka
error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first

Loading pharokka/1.7.5
  ERROR: Module evaluation aborted

$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: tRNAscan-SE requires module(s) < infernal > to be loaded first

Loading tRNAscan-SE/2.0.12
  ERROR: Module evaluation aborted

$ module load infernal
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
error: minced requires module(s) < graalvm/ce-java11-20.0.0 > to be loaded first

Loading minced/0.4.2
  ERROR: Module evaluation aborted

$ module load graalvm/ce-java11-20.0.0
$ module load PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
$ module load pharokka

请问如何用Bash脚本自动化这个加载流程？

补充信息 #

module --version输出：

Modules Release 4.4.0 (2019-11-17)

pharokka/1.7.5模块文件内容：

#%Module #########
set is_module_rm [module-info mode remove]

#---- whatis 用于 module apropos 命令
module-whatis   "设置 pharokka (1.7.5) 的运行环境"
module-whatis   "topic_0080"
module-whatis   "topic_3174"
module-whatis   "topic_0160"
module-whatis   "topic_0769"
module-whatis   "topic_0659"
module-whatis   "operation_3672"
module-whatis   "operation_3482"
module-whatis   "operation_0464"
module-whatis   "operation_0335"
module-whatis   "operation_0310"

#---- 模块帮助信息
proc ModulesHelp { } {
  puts stderr "本模块文件定义了使用 pharokka 包（版本1.7.5）所需的环境"
  puts stderr ""
  puts stderr "pharokka 用于快速标准化注释噬菌体。"
  puts stderr "项目地址：https://github.com/gbouras13/pharokka"
  puts stderr ""
  puts stderr "警告：pharokka 需要先加载以下模块 < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler >。"
  puts stderr ""
  ## 列出包提供的命令
  puts stderr "本包提供以下命令："
  puts stderr "\tcreate_custom_hmm.py"
  puts stderr "\tinstall_databases.py"
  puts stderr "\tpharokka.py"
  puts stderr "\tpharokka_multiplotter.py"
  puts stderr "\tpharokka_plotter.py"
  puts stderr "\tpharokka_proteins.py"
  puts stderr ""
}

#---- 基于 AUTOLOADMODULE 环境变量的自动加载 hack
if {[info exists env(AUTOLOADMODULE)]} {
     module load  PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler
}
#---- 检查前置模块
if { [ module-info mode load ] && ! (  [ is-loaded "PHANOTATE/1.5.0" ] && [ is-loaded "MMseqs2/13-45111" ] && [ is-loaded "tRNAscan-SE/2.0.12" ] && [ is-loaded "minced/0.4.2" ] && [ is-loaded "aragorn/1.2.41" ] && [ is-loaded "Mash" ] && [ is-loaded "dnaapler" ] )} {
    puts stderr "error: pharokka requires module(s) < PHANOTATE/1.5.0 MMseqs2/13-45111 tRNAscan-SE/2.0.12 minced/0.4.2 aragorn/1.2.41 Mash dnaapler > to be loaded first"
    exit
}

#---- 设置路径
prepend-path PATH   /opt/.../pharokka/1.7.5/bin 
prepend-path PATH   /opt/.../pharokka/1.7.5/scripts

可以编写一个Bash函数，循环尝试加载目标模块，每次捕获错误输出并解析其中的依赖模块，先加载这些依赖，直到成功加载目标模块。以下是实现脚本：

auto_load_module() {
    local target="$1"
    local loaded=0

    while [ $loaded -eq 0 ]; do
        # 尝试加载目标模块，捕获stderr输出
        local output=$(module load "$target" 2>&1)
        if [ $? -eq 0 ]; then
            loaded=1
            echo "成功加载模块: $target"
            return 0
        fi

        # 解析错误信息中的依赖模块，匹配 "requires module(s) < ... >" 格式
        local deps=$(echo "$output" | grep -oP 'requires module\(s\) < \K[^>]+')
        if [ -z "$deps" ]; then
            # 没有找到依赖信息，退出并报错
            echo "加载模块 $target 失败，且无法解析依赖信息:"
            echo "$output"
            return 1
        fi

        # 递归加载所有依赖模块
        echo "正在加载依赖模块: $deps"
        for dep in $deps; do
            auto_load_module "$dep"
            if [ $? -ne 0 ]; then
                echo "加载依赖模块 $dep 失败"
                return 1
            fi
        done
    done
}

# 使用示例：加载pharokka
auto_load_module "pharokka"

脚本说明 #

• 循环尝试加载：每次尝试加载目标模块，若失败则解析错误信息中的依赖。
• 依赖解析：通过正则表达式提取错误信息中< >包裹的依赖模块列表。
• 递归加载依赖：对每个依赖模块调用自身函数，确保所有嵌套依赖都被加载。
• 终止条件：当目标模块加载成功时退出循环，若无法解析依赖则报错终止。

注意事项 #

• 该脚本依赖module命令的错误输出格式稳定，如果IT部门修改了错误提示格式，需要调整正则表达式。
• 确保脚本在支持Bash的环境中运行，且module命令已正确初始化（比如通过source /etc/profile.d/modules.sh）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Fravadona