如何下移ggtree结合deeptime绘制的系统发育树时间轴

针对你遇到的时间轴与树根、分支重叠的情况，有以下几种直接的调整方法：

方法1：扩展X轴范围，拉开根与时间轴的距离 #

通过scale_x_continuous的expand参数扩展X轴左侧（对应更早的地质时间）的空间，让树根位置与时间轴刻度错开：

修改后的代码片段：

scale_x_continuous(
  breaks = seq(-800, 0, 200),
  labels = seq(800, 0, -200),
  expand = expansion(add = c(60, 0))  # 调整add的数值，越大空间越宽
)

方法2：调整Y轴下限，将时间轴向下推移 #

通过扩展Y轴的下限空间，把时间轴整体向下移动，避免与树的底部结构重叠：

方式A：用scale_y_continuous扩展 #

在代码中添加scale_y_continuous：

p <- revts(
  ggtree(TOL1, layout = "fan", open.angle = 180, size = 0.5)  +
    aes(colour = group) +
    theme_tree2() +
    geom_tippoint(size = 1.5, stroke = 0, alpha = 0.4) +
    scale_y_continuous(expand = expansion(add = c(3, 0))) +  # 向下扩展Y轴空间
    coord_geo_polar(
      dat = time,
      fill = "white",
      alpha = 0,
      lwd = 0
    ) +
    # 后续theme、scale等代码不变
    ...
)

方式B：在coord_geo_polar中手动设置Y轴范围 #

直接在coord_geo_polar里指定ylim参数，强制下移时间轴：

coord_geo_polar(
  dat = time,
  fill = "white",
  alpha = 0,
  lwd = 0,
  ylim = c(-4, NA)  # 负数越小，时间轴下移越多
)

方法3：调整图形底部边距 #

如果上述方法效果不够，可以增大plot.margin的底部边距，给时间轴留出更多空间：

theme(
  plot.margin = unit(c(1, 1, 5, 1), "mm"),  # 把第三个数值（bottom）从0改成5
  axis.text.r = element_text(size  = 2),
  legend.position = "none"
)

你可以根据实际图形的重叠程度，微调上述参数的数值，找到最适合的效果。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Anh