基于PyTorch Geometric的时序图批处理及模型适配问题咨询
时序图数据处理与PyTorch-Geometric批处理问题
我正在使用PyTorch-Geometric开展时序图数据相关研究,将PyG数据转换为密集格式(通过to_dense_batch()和to_dense_adj()方法)时,遇到了内存占用过高的问题。
我尝试了三种批处理方案,但分别陷入以下困境:
- 方案1:每个批次包含多条边(例如每批400条边)→ 内存占用过高
- 方案2:每个批次包含多个快照(每个时间戳对应一个快照)→ 张量尺寸不一致
- 方案3:每个批次包含多个图序列(例如每个序列包含5个快照)→ 快照过于稀疏
疑问
- 是否可以将节点数量不同的快照批次视为序列?若可以,如何将其输入LSTM或Transformer架构?
- 是否可以对多组图序列进行批处理(例如一批4个序列,每个序列含5个快照),并将其密集节点/边嵌入输入LSTM或Transformer类神经网络模型?还是建议使用稀疏矩阵?
- 如何分割包含
['source', 'target', 'interaction_type', 'timestamp']列的CSV数据,以满足:①快照密度足够高(例如超过0.5);②每个快照的节点数量保持一致?
内容的提问来源于stack exchange,提问作者Vincent Tsai
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