运行lilikoi R包的lilikoi.featuresSelection()时出现非数值参数错误

按照lilikoi官方文档的内置示例操作，大部分步骤可正常执行，但运行lilikoi.featuresSelection()时触发错误。

已成功执行的代码 #

library(lilikoi)

dt <- lilikoi.Loaddata(file=system.file("extdata", "plasma_breast_cancer.csv", package = "lilikoi"))
Metadata <- dt$Metadata
dataSet <- dt$dataSet

# 将代谢物名称转换为HMDB ID
convertResults=lilikoi.MetaTOpathway('name')
Metabolite_pathway_table = convertResults$table
head(Metabolite_pathway_table)

# 通过pathtracer算法将代谢物转换为通路
PDSmatrix=lilikoi.PDSfun(Metabolite_pathway_table)

报错代码与错误信息 #

执行以下代码：

selected_Pathways_Weka= lilikoi.featuresSelection(PDSmatrix,threshold= 0.50,method="gain")

出现错误：

Error in training_diagnosis$Label - 1 :
  non-numeric argument to binary operator

会话信息 #

> sessionInfo()

R version 4.5.0 (2025-04-11)
Platform: x86_64-pc-linux-gnu
Running under: Parabola GNU/Linux-libre

Matrix products: default
BLAS:   /usr/lib/libblas.so.3.12.0
LAPACK: /usr/lib/liblapack.so.3.12.0  LAPACK version 3.12.0

locale:
 [1] LC_CTYPE=en_US.UTF-8          LC_NUMERIC=C
 [3] LC_TIME=en_US.UTF-8           LC_COLLATE=en_US.UTF-8
 [5] LC_MONETARY=en_US.UTF-8       LC_MESSAGES=en_US.UTF-8
 [7] LC_PAPER=en_US.UTF-8          LC_NAME=en_US.UTF-8
 [9] LC_ADDRESS=en_US.UTF-8        LC_TELEPHONE=en_US.UTF-8
[11] LC_MEASUREMENT=en_US.UTF-8    LC_IDENTIFICATION=en_US.UTF-8

time zone: Europe/Belgrade
tzcode source: system (glibc)

attached base packages:
[1] stats     graphics  grDevices utils     datasets  methods   base

other attached packages:
[1] lilikoi_2.1.0

解决建议 #

• 检查标签列类型：错误提示表明training_diagnosis$Label不是数值型（大概率是因子或字符型），无法执行减法操作。可以将Metadata$Label转换为数值型后重试：

  Metadata$Label <- as.numeric(as.factor(Metadata$Label))
  

• 对齐包版本：当前使用的是lilikoi_2.1.0，但参考的官方文档是2.1.1版本，版本差异可能导致参数或内部逻辑不一致，尝试升级到2.1.1版本。
• 验证数据匹配性：确认PDSmatrix的样本顺序与Metadata完全一致，避免因样本错位导致标签调用异常。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Давид Пирић