如何让GTSummary的Overall列百分比计算包含Missing值？

默认情况下，tbl_summary()的percent = "column"是基于非缺失观测计算百分比，所以你生成的表格里，Overall列的Red、Blue百分比是用非缺失的60个样本当分母，而Missing的30个没被算进分母。要让分母包含总样本（含缺失值），可以通过自定义统计量实现：

修改后的代码 #

# 定义数据
df <- data.frame(pat = c(1:90))
df$by <- ifelse(df$pat < 30, "A", "B")
df$lvl <- ifelse(df$pat < 30, NA, ifelse(df$pat < 60, "Red", "Blue"))

# 生成包含缺失值分母的百分比表格
df |> 
  select(by, lvl) |>
  tbl_summary(
    by = by,
    percent = "column",
    type = list(all_continuous() ~ "continuous2"),
    missing = "ifany",
    missing_text = "Missing",
    # 自定义分类变量统计量：用总样本数计算百分比
    statistic = list(all_categorical() ~ "{n} ({style_percent(n / N, digits = 1)}%)"),
    # 自定义缺失值统计量：同样基于总样本
    missing_stat = "{N_miss} ({style_percent(N_miss / N, digits = 1)}%)"
  ) |>
  add_overall(last = TRUE)

说明 #

• 核心是通过statistic参数重写分类变量的统计逻辑：n是当前类别的样本数，N是分组的总样本量（包含缺失值），这样计算出的百分比就是以总样本为分母。
• 修改后，Overall列里Red、Blue、Missing的百分比会分别是33.3%、33.3%、33.3%，总和为100%，符合你的需求。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者rambles