GitHub旧PR分支更新遇子模块未合并问题，求解决方法

首先，不建议直接删除子模块文件夹——Git会在索引和.gitmodules文件中追踪子模块的状态，直接删除文件夹会导致索引与本地文件状态不一致，反而引发更多冲突。

以下是正确的操作步骤：

1. 清理未完成的合并状态 #

如果之前拉取master的合并操作未完成，先终止当前的合并流程：

git merge --abort

确保你的PR分支回到干净的可操作状态。

2. 拉取最新的master分支 #

同步远程仓库的最新master代码：

git fetch origin master

3. 合并（或变基）master到你的PR分支 #

选项A：使用合并（保留原提交历史） #

执行合并命令，触发子模块冲突处理：

git merge origin/master

选项B：使用变基（整理成线性提交历史） #

如果偏好更整洁的提交记录，可使用变基：

git rebase origin/master

4. 处理子模块冲突 #

执行上述步骤后，Git会提示子模块的冲突状态（通过git status可查看），按以下方式处理：

• 接受master分支中的子模块配置：

  git checkout origin/master -- path/to/submodule .gitmodules
  

• 初始化并更新所有子模块（包括嵌套子模块）：

  git submodule update --init --recursive
  

如果仍存在Skipping unmerged submodule报错，可手动清理索引中的子模块残留状态：

# 移除索引中冲突的子模块条目
git rm --cached path/to/submodule
# 重新拉取master的子模块配置
git checkout origin/master -- path/to/submodule .gitmodules
# 再次初始化子模块
git submodule update --init --recursive

5. 完成合并/变基并推送 #

• 如果用合并：解决冲突后执行git add .，然后git commit完成合并，最后推送更新到你的PR分支：git push origin your-pr-branch
• 如果用变基：解决冲突后执行git add .，然后git rebase --continue，完成后强制推送（因为变基修改了提交历史）：git push origin your-pr-branch --force-with-lease

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Igor