看起来你遇到的问题确实挺棘手——不管输入什么命令行参数，PuTTYgen都提示“未知选项”，连最基础的版本查询都不行。我来帮你一步步排查解决：

• 先确认调用的是正确的PuTTYgen程序
  有时候系统里可能存在同名工具，或者PuTTY的安装目录没加到系统PATH里，导致你运行的不是你安装的那个puttygen.exe。你可以先试试用完整路径调用，比如默认安装路径是C:\Program Files\PuTTY\puttygen.exe，在CMD里输入：

  "C:\Program Files\PuTTY\puttygen.exe" -V
  

  如果这个命令能正常显示版本号，说明问题出在PATH环境变量上。你需要把C:\Program Files\PuTTY（或者你的实际安装路径）添加到系统PATH中，这样以后直接输puttygen就能调用正确的程序了。

• 用正确的命令转换密钥
  既然你的目标是把OpenSSH的id_rsa转换成PuTTY的ppk格式，正确的命令应该是这样的：

  puttygen id_rsa -o id_rsa.ppk
  

  要确保id_rsa文件在当前CMD的工作目录下，或者直接写完整路径（比如C:\Users\你的用户名\.ssh\id_rsa）。如果你的密钥有密码保护，还需要加上-P参数（不过批处理场景下可能需要额外处理密码输入，无密码的话直接用上面的命令就好）。

• 排查安装或版本问题
  你用的0.79版本是支持命令行参数的，要是上面的方法都不管用，可能是安装过程中文件损坏了。你可以先卸载当前的PuTTY，重新下载安装包再装一次，安装时注意勾选“Add PuTTY to system PATH”（如果有这个选项），这样能自动配置环境变量，省得手动操作。

• 试试管理员权限运行CMD
  有时候权限不足也会导致程序异常，右键点击CMD选择“以管理员身份运行”，再执行命令看看能不能解决。

备注：内容来源于stack exchange，提问作者UrbanDae