Snakemake导入规则时如何使用参数默认值？

尝试通用化Snakemake工作流时遇到异常。创建了analysis.smk文件编写通用规则以便多工作流导入使用，规则内容如下：

rule analysis:
   output: test.root
   input:   input_test.root
   params:
      variable: "SvB"
      rebin:  10
   shell:  `python run_analysis.py {params.variable} {params.rebin}`

在另一个Snakefile中导入该规则并使用：

module analysis:
   snakefile: "analysis.smk"
   config: config

use rule analysis from analysis as run_analysis with:
   output: f"{config['output']}/hist.root"
   input: f"{config['output']}/input_hist.root"
   params:
      rebin: 20

运行时出现错误：

AttributeError: 'Params' object has no attribute 'variable', when formatting the following:

原因是未定义variable参数。只想修改部分参数值，其余使用默认值，这是预期行为吗？使用的是Snakemake 8.27.1版本。

这不是预期行为，而是Snakemake模块规则重载的特性：当在with块中指定params时，会完全覆盖原规则的params，而非合并。要实现只修改部分参数、保留默认值的需求，有两种可行方法：

方法1：显式继承原参数 #

在重载规则时，直接引用原模块规则的默认参数值，示例如下：

use rule analysis from analysis as run_analysis with:
   output: f"{config['output']}/hist.root"
   input: f"{config['output']}/input_hist.root"
   params:
      variable: analysis.params.variable
      rebin: 20

方法2：将默认参数移至配置文件 #

把通用规则的默认参数绑定到配置项，通过config.get()设置默认值，这样重载时未指定的参数会自动使用配置默认值。

修改analysis.smk：

rule analysis:
   output: test.root
   input:   input_test.root
   params:
      variable: config.get("variable", "SvB")
      rebin:  config.get("rebin", 10)
   shell:  `python run_analysis.py {params.variable} {params.rebin}`

导入时只需指定需要修改的参数：

use rule analysis from analysis as run_analysis with:
   output: f"{config['output']}/hist.root"
   input: f"{config['output']}/input_hist.root"
   params:
      rebin: 20

此时variable会自动使用默认值"SvB"。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Alejandro