使用Snakemake Checkpoint实现条件迭代的规则重复执行问题

问题背景 #

• 需求：在Snakemake工作流中重复执行若干规则，通过迭代优化输出结果
• 限制：无法动态向DAG添加作业（输出未达标时需再次迭代），因此预先创建最大迭代次数的所有作业，计划通过checkpoint的shell块中执行touch操作，生成后续输出文件以跳过不必要的规则执行

尝试方案与遇到的问题 #

• 已尝试方案：为所有输入添加ancient标记、使用--touch参数，均未达到预期效果
• 当前最优尝试的迭代逻辑：1^(n-1) -> 2^(n-1) -> 3a^(n-1) -> 3b^(n-1) -> 4^(n-1) -> 1^(n) -> 2^(n) -> 3a^(n) -> 3b^(n) -> 4^(n) -> ...，对应代码见example.smk
• 执行异常情况：
  • test_3_AAAAA规则被正确跳过，但test_3_BBBBB规则因提示**"Input files updated by another job: testing/step_0/3.done"**重复执行
  • 出现警告："Warning: the following output files of rule test_3_BBBBB were not present when the DAG was created: {'testing/step_0/3b.done'}"，详细日志见example.log

核心需求 #

• 找到实现此类条件迭代的有效方法，或实现规则仅在输出缺失时执行的方案
• 希望保留Snakemake的资源与作业管理能力，暂不考虑完全依赖外部脚本控制迭代

解决方向（经Bli解答后） #

修改代码逻辑，通过checkpoint的结果动态选择test_4规则的输入，对应代码见修改后的example.smk

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Tylio