使用R语言functcomp函数计算CWM时出现物种标签匹配错误的解决求助
使用R语言functcomp函数计算CWM时出现物种标签匹配错误的解决求助
我现在想用functcomp函数计算群落加权均值(CWM),但一直遇到同一个错误提示:
Species labels in 'x' and 'a' need to be identical and ordered alphabetically (or simply in the same order)
下面是我的代码,我先为每个样方创建了物种存在/缺失矩阵MatrixSpPlot,然后生成了包含所有物种及其生态指示值(温度、光照、pH、土壤养分和土壤湿度)的数据框DFSpEV,还对重复物种做了聚合处理:
TablePlot <- table(data_pre$NamePlot, data_pre$Genius_Species) MatrixSpPlot <- as.matrix(TablePlot) DFSpEV <- data.frame(data_pre[,c(9,11,12,13,14,15)]) DFSpEV <- aggregate(x = DFSpEV[,c(2,3,4,5,6)], by = list(DFSpEV$Genius_Species), FUN = mean, na.rm = T) colnames(DFSpEV) <- c("Genius_Species","Soil_humidity","Soil_pH","Soil_nutrients","Light","Temperature") functcomp(DFSpEV, MatrixSpPlot, CWM.type = c("dom"), bin.num = NULL)
我已经检查过数据,确认两个对象里的物种是完全一致且顺序相同的,但还是报这个错。我怀疑是不是自己创建物种矩阵的方式有问题?有没有人能帮我看看呀?非常感谢!
备注:内容来源于stack exchange,提问作者Eléa Pierre
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