如何在合并后的tbl_hierarchical表中跨列引用分母计算行百分比？

问题场景 #

现有一个由多层级表合并生成的层级结构表格：

• 第一组列（Table 1）为整体统计值
• 后续组列（Table 2）为其子集

需要将Table 1中对应行的数值作为Table 2所有列的分母，重新计算行级百分比（当前Table 2默认使用表头总N值作为分母）。

当前示例代码 #

ADAE_subset <- cards::ADAE |>
  dplyr::filter(
    AESOC %in% unique(cards::ADAE$AESOC)[1:5],
    AETERM %in% unique(cards::ADAE$AETERM)[1:5]
  )

tbl1 <- tbl_hierarchical(
  data = ADAE_subset,
  variables = c(AESOC, AETERM),
  by = SAFFL,
  denominator = cards::ADSL |> mutate(TRTA = ARM),
  id = USUBJID,
  digits = everything() ~ list(p = 1),
  overall_row = TRUE,
  label = list(..ard_hierarchical_overall.. = "Any Adverse Event")
)

tbl2 <- tbl_hierarchical(
  data = ADAE_subset,
  variables = c(AESOC, AETERM),
  by = SEX,
  denominator = cards::ADSL |> mutate(TRTA = ARM),
  id = USUBJID,
  digits = everything() ~ list(p = 1),
  overall_row = TRUE,
  label = list(..ard_hierarchical_overall.. = "Any Adverse Event")
)

tbl <- tbl_merge(tbls = list(tbl1, tbl2))
tbl

解决方案 #

步骤1：提取Table 1的行级总数值 #

先将Table 1转换为数据框，提取每个层级行的总计数（即需要作为Table 2分母的数值）：

library(dplyr)
library(tidyr)
library(rtables)

# 转换tbl1为数据框，提取行标签和对应计数
tbl1_df <- as.data.frame(tbl1)
row_totals <- tbl1_df |>
  select(row_label, matches("^n_")) |> # 匹配计数列（根据实际输出调整列名）
  rename(total_n = matches("^n_")) # 重命名为统一的total_n列

步骤2：重新计算Table 2的百分比 #

将Table 2转换为数据框，合并Table 1的行级总数值，替换原有百分比计算逻辑：

# 转换tbl2为数据框
tbl2_df <- as.data.frame(tbl2)

# 合并行级总数值到Table 2数据框
merged_df <- tbl2_df |>
  left_join(row_totals, by = "row_label")

# 重新计算百分比（以Table1的行值为分母），并格式化
merged_df <- merged_df |>
  mutate(
    # 假设Table2的计数列是n_Female、n_Male，百分比列对应调整
    p_Female = (n_Female / total_n) * 100,
    p_Male = (n_Male / total_n) * 100,
    p_Female = sprintf("%.1f%%", p_Female),
    p_Male = sprintf("%.1f%%", p_Male)
  )

# 若需保留rtables格式，可将处理后的数据框重新转换为表格对象
tbl2_updated <- basic_table() |>
  split_cols_by("SEX") |>
  add_colcounts() |>
  split_rows_by("AESOC", split_fun = keep_split_levels()) |>
  split_rows_by("AETERM", split_fun = keep_split_levels()) |>
  add_overall_row("Any Adverse Event") |>
  analyze(vars = "USUBJID", funs = list(
    n = function(x) length(unique(x)),
    p = function(x, denom) (length(unique(x))/denom)*100
  ), denom = merged_df$total_n) |>
  build_table(data = ADAE_subset)

步骤3：合并表格并输出 #

将调整后的Table 2与原Table 1合并：

tbl_final <- tbl_merge(tbls = list(tbl1, tbl2_updated))
tbl_final

关键说明 #

• 核心是对齐层级行的标签，确保Table 2的每行都能匹配到Table 1对应的行级数值
• 若需更灵活的行级分母控制，可在生成tbl_hierarchical时，直接传入包含行级分母信息的自定义denominator数据框，替换全局分母

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Huan Lu