NMDS分析中使用gg_ordisurf/ordisurf时，如何在平滑曲面计算中忽略NA值？

要实现保留所有NMDS样点，同时仅用无NA的连续变量值计算平滑曲面，可以通过手动分离拟合数据、单独生成曲面图层再组合的方式实现，具体步骤如下：

核心思路 #

gg_ordisurf底层依赖vegan的ordisurf函数，而ordisurf默认无法处理含NA的环境变量。我们可以：

1. 从数据中筛选出无NA的样点，仅用这些数据拟合平滑曲面
2. 先绘制包含所有样点的NMDS基础图
3. 将拟合好的曲面图层叠加到基础图上

完整代码示例 #

library(vegan)
library(ggordiplots)
library(ggplot2)

# 示例数据
community_matrix <- matrix(rpois(50, lambda = 5), nrow = 10)
rownames(community_matrix) <- paste0("Site", 1:10)
colnames(community_matrix) <- paste0("Sp", 1:5)

NMDS = metaMDS(community_matrix, k=2, trace = 0, distance = "bray")

coords= as.data.frame(scores(NMDS, "sites")) # 所有样点的NMDS坐标
coords$continuous <- c(3, 5, NA, 2, 4, NA, 6, 7, 5, 3) # 含NA的连续变量

# 1. 筛选出无NA的拟合数据（仅用于计算曲面）
fit_data <- na.omit(coords)

# 2. 用vegan::ordisurf拟合平滑曲面，不直接绘图
surf_fit <- ordisurf(
  x = scores(NMDS, "sites")[rownames(fit_data), ], # 对应无NA样点的NMDS坐标
  y = fit_data$continuous, # 无NA的连续变量
  plot = FALSE # 仅返回拟合结果，不生成基础图
)

# 3. 绘制包含所有样点的NMDS基础图
base_plot <- gg_ordiplot(NMDS, display = "sites", plot = FALSE) +
  geom_point(data = coords, aes(x = NMDS1, y = NMDS2), size = 3) + # 保留所有样点
  labs(x = "NMDS1", y = "NMDS2")

# 4. 叠加平滑曲面等高线和标签
final_plot <- base_plot +
  geom_contour(data = surf_fit$grid, aes(x = x, y = y, z = z), colour = "darkred") +
  geom_text(data = surf_fit$labels, aes(x = x, y = y, label = label), colour = "darkred", size = 4)

print(final_plot)

效果说明 #

• 所有样点（包括连续变量为NA的）都会显示在NMDS图中
• 平滑曲面仅基于有有效连续变量值的样点计算，完全忽略NA值，无需删除样点或插补数据

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Maxime Buron