• 修正.tscn文件的缩进格式
  Godot的.tscn是靠4个空格的缩进来识别节点层级关系的，仅设置parent属性不够。子节点的代码块必须相对于父节点缩进，否则编辑器会将其视为根节点的平级节点。正确的格式示例：

[node name="Body" type="Node2D"]

    [node name="Chassis" type="Sprite2D" parent="Body"]
    position = Vector2(0, 0)

如果所有节点都顶格编写，哪怕parent属性正确，编辑器也不会解析层级。

• 验证parent属性的路径正确性
  parent属性的值必须是父节点的准确名称或路径。如果路径错误（比如父节点名称拼写错误、路径层级不对），编辑器找不到目标父节点，就会将节点标记为Body#Chassis格式（#表示父节点未找到），并作为平级节点显示。确保parent的值与父节点的名称完全匹配，嵌套节点可以用parent="Body/SubNode"这种路径格式。

• 手动在编辑器中重建层级
  如果.tscn文件格式混乱，最简单的方法是打开场景编辑器，直接将Chassis节点拖拽到Body节点下方，完成后保存场景。Godot会自动修正.tscn文件中的缩进和parent属性，确保层级关系正确。

• 检查是否存在重名节点
  如果场景中有多个同名的Body节点，编辑器无法确定parent指向的具体节点，也会导致节点平级显示。确保父节点名称唯一，或者使用完整路径来指定父节点（比如parent="/root/Body"）。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者garaujo