针对你使用Snakemake 9.13.4 + Slurm插件1.4.0遇到的conda环境问题，以下是两种可行的解决思路：

方法一：自定义Slurm作业脚本模板 #

1. 在你的profile目录profiles/my_profile/下新建jobscript.sh文件，基于默认Slurm模板添加conda初始化步骤：

#!/bin/bash
#SBATCH --account={resources.slurm_account}
#SBATCH --partition={resources.slurm_partition}
#SBATCH --job-name={rule}_{wildcards}
#SBATCH --output={log}.out
#SBATCH --error={log}.err
#SBATCH --cpus-per-task={threads}
#SBATCH --mem={resources.mem_mb}M

# 加载shell配置文件读取miniforge3激活函数（用zsh则替换为~/.zshrc）
source ~/.bashrc
# 激活miniforge3
miniforge3

# 执行Snakemake作业命令
{snakemake_executable} --snakefile {snakefile} --target-jobs {target_jobs} --jobscript {jobscript} --printshellcmds --forcerun {forcerun} --ignore-incomplete --nolock --nocolor --notemp --no-hooks --use-conda

2. 修改profiles/my_profile/config.yaml，添加一行指定自定义模板：

executor: slurm
jobs: 1
default-resources:
  slurm_account: foo
  slurm_partition: bar
jobscript: jobscript.sh

之后直接运行原命令即可：

snakemake --profile profiles/my_profile/

方法二：通过profile配置添加预执行脚本 #

直接修改profiles/my_profile/config.yaml，加入预执行脚本段初始化conda环境：

executor: slurm
jobs: 1
default-resources:
  slurm_account: foo
  slurm_partition: bar
pre-job-script: |
  source ~/.bashrc
  miniforge3

运行命令时加上--use-conda参数：

snakemake --profile profiles/my_profile/ --use-conda

关于作业脚本模板的说明 #

• 查看默认Slurm模板内容：执行snakefmt --show-template slurm命令即可
• 自定义模板只需放在你的profile目录下，或通过config.yaml的jobscript字段指定路径

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Michele Peresano