如何在QuPath中导出仅含目标ROI区域的TIFF文件？

一、旋转矩形ROI对齐纤维 #

直接在QuPath内完成旋转操作，无需依赖ImageJ：

1. 打开.ndpi文件后，选择左侧工具栏的Rectangle工具；
2. 先画出普通矩形ROI，选中该ROI后，其边缘会出现旋转控制手柄（通常在矩形角点外侧），拖动手柄即可自由旋转ROI至与纤维垂直；
3. 若需要精确角度，可在右侧「ROI」面板中找到Rotation参数，直接输入数值调整。

二、多边形ROI导出仅保留内部区域 #

推荐直接在QuPath内完成掩码裁剪导出，避免ImageJ的区域包含问题：

1. 用闭合多边形工具画出目标ROI并选中；
2. 点击菜单栏 Objects > Create mask from selected objects，在弹窗中勾选「Fill interior」（填充内部），背景可设为黑色或透明；
3. 选中生成的掩码对象，点击 File > Export images > Export selected image regions；
4. 在导出设置中选择TIFF格式，即可得到仅包含ROI内部区域的图像。

如果必须通过ImageJ处理：

1. 在QuPath中选中多边形ROI，点击 File > Export > Export ROIs to ImageJ，保存为.roi文件；
2. 在ImageJ中用Bio-Formats插件打开.ndpi原文件，加载导出的.roi文件；
3. 执行 Edit > Selection > Create Selection，再点击 Image > Crop，裁剪后保存为TIFF即可。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者bbbbsp