Ubuntu已预装Jekyll时，为何无法通过Bundler与~/gems安装最新版Jekyll？

问题背景 #

按照Jekyll官方分步教程安装Jekyll并创建新项目，执行bundle或bundle install步骤时，安装若干gem后失败，报错找不到colorator-1.1.0.gem。实际该gem在rubygems源中存在，且已安装在/usr/share/rubygems-integration/all/gems/colorator-1.1.0路径下。

完整报错信息 #

Bundler::GemNotFound: Could not find colorator-1.1.0.gem for installation
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/source/rubygems.rb:172:in `install'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/installer/gem_installer.rb:54:in `install'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/installer/gem_installer.rb:17:in `install_from_spec'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/installer/parallel_installer.rb:133:in `do_install'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/installer/parallel_installer.rb:124:in `block in worker_pool'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/worker.rb:62:in `apply_func'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/worker.rb:57:in `block in process_queue'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/worker.rb:54:in `loop'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/worker.rb:54:in `process_queue'
  /home/alan/gems/gems/bundler-4.0.1/lib/bundler/worker.rb:90:in `block (2 levels) in create_threads'

An error occurred while installing colorator (1.1.0), and Bundler cannot continue.

In Gemfile:
  jekyll was resolved to 4.4.1, which depends on
    colorator

排查过程中的现象 #

• 删除~/gems目录并跳过gem install jekyll bundler命令后，bundle install可成功执行，无错误安装包括colorator-1.1.0在内的所有gem。
• 卸载Ubuntu系统预装的Jekyll（执行apt-get remove jekyll && apt-get autoremove）后，按照官方教程步骤可正常运行。
• bundle install启动时会出现以下警告：

  Fetching gem metadata from https://rubygems.org/...........
  Local specification for listen-3.9.0 has different dependencies than the remote gem, ignoring it
  Local specification for jekyll-4.3.2 has different dependencies than the remote gem, ignoring it
  

疑问 #

原本认为Bundler的设计目的就是规避旧系统包带来的冲突，现在有以下疑问：

1. 这个问题的具体原因是什么？
2. 有没有其他规避方法，是否必须依赖无冲突的系统包？
3. 相关文档中是否有针对此类情况的说明？
4. 是否有比Jekyll文档中“避免以root用户安装RubyGems包”更直接的操作指引？

软件版本信息 #

• Ubuntu 24.04
• Ubuntu预装Jekyll：4.3.2+dfsg-1
• Ubuntu预装ruby-bundler：2.4.20-1
• gem安装的Jekyll：4.4.1
• gem安装的Bundler：4.0.1

内容的提问来源于stack exchange，提问作者sourcejedi