如何移除rotl系统发育树图中物种名末尾的ott编号？

rotl包生成的系统发育树默认会在物种名称后附加OTT编号，要去掉这些编号可以通过修改树的tip.label实现，以下两种方法都可行：

方法一：正则表达式直接替换 #

利用正则匹配并移除标签末尾的OTT编号部分，代码修改如下：

taxa <- tnrs_match_names(bodysize_dat$Species)
tree <- tol_induced_subtree(ott_ids = ott_id(taxa))

# 移除标签中的OTT编号
tree$tip.label <- gsub(" ott\\d+$", "", tree$tip.label)

# 注意：原代码中no.margine拼写错误，修正为no.margin
plot(tree, cex = 0.8, label.offset = .1, no.margin = TRUE)

解释：gsub(" ott\\d+$", "", tree$tip.label) 会精准匹配标签末尾的 ott+数字组合，将其替换为空字符串，快速清除OTT编号。

方法二：利用匹配结果的对应关系替换 #

通过tnrs_match_names返回的匹配结果，建立物种名与带OTT编号标签的对应关系，替换更稳妥：

taxa <- tnrs_match_names(bodysize_dat$Species)
tree <- tol_induced_subtree(ott_ids = ott_id(taxa))

# 构建OTT编号标签与干净物种名的映射表
name_map <- setNames(taxa$matched_name, paste0(taxa$matched_name, " ott", ott_id(taxa)))
# 替换树的标签
tree$tip.label <- name_map[tree$tip.label]

# 绘图
plot(tree, cex = 0.8, label.offset = .1, no.margin = TRUE)

解释：这种方法基于匹配时的原始对应关系，避免正则表达式可能出现的特殊情况，适合物种名称格式复杂的场景。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Rach B.