使用R的aov()函数完成重复测量析因ANOVA后，如何获取偏η²

R基础包的aov()函数默认不会输出偏η²，以下是几种可靠的获取方式：

1. 使用ez包的ezANOVA() #

ez包专门针对重复测量设计，可直接输出偏η²：

• 先安装加载包：

install.packages("ez")
library(ez)

• 示例代码（假设数据为长格式，包含被试IDsubject、两个重复测量因子factor1/factor2、因变量dv）：

anova_result <- ezANOVA(
    data = your_data,
    dv = .(dv),
    wid = .(subject),
    within = .(factor1, factor2),
    type = 3,  # 重复测量推荐使用III型平方和
    detailed = TRUE
)

• 查看结果时，anova_result$ANOVA中的p2列就是偏η²。

2. 使用afex包的aov_car() #

afex包简化了复杂ANOVA的操作，支持直接指定输出效应量：

• 安装加载包：

install.packages("afex")
library(afex)

• 拟合模型并输出偏η²：

fit <- aov_car(
    dv ~ factor1*factor2 + Error(subject/(factor1*factor2)),
    data = your_data
)
anova(fit, es = "pes")  # "pes"即partial eta squared

• 输出表格中的pes列即为所求统计量。

3. 手动计算（无需额外包） #

如果不想安装新包，可从aov()的结果中提取平方和自行计算，公式为：

偏η² = SS效应 / (SS效应 + SS误差)

示例代码：

# 先拟合重复测量ANOVA
fit <- aov(dv ~ factor1*factor2 + Error(subject/(factor1*factor2)), data = your_data)
# 提取效应和误差的平方和（需根据你的模型结构调整索引）
sum_table <- summary(fit)[[2]]  # 假设重复测量的效应/误差在第二个汇总表中
ss_effect <- sum_table[1, 2]  # 第一个效应的平方和
ss_error <- sum_table[2, 2]   # 对应误差项的平方和
# 计算偏η²
partial_eta_sq <- ss_effect / (ss_effect + ss_error)

注意：不同模型结构下，summary(fit)的列表元素位置可能不同，需要自行确认效应和误差项的位置。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Paul D