如何调整UpSetR绘图行序，按集合频率反向排列？

要让UpSetR的行（垂直排列的集合列表）按横轴集合频率排序，核心是强制使用自定义的集合顺序，之前操作无效的原因是忽略了keep.order参数，具体步骤如下：

1. 生成目标集合顺序

   • 按集合频率自动排序：计算每个集合的出现次数，按频率降序生成集合名称向量（高频集合排前，对应你要的Fentanyl在顶的需求）

     sets_order <- names(sort(colSums(df), decreasing = TRUE))
     

   • 手动指定顺序：直接定义固定的集合排列顺序

     sets_order <- c("Fentanyl", "Morphine", "Midazolam", "Lorazepam")
     

2. 绘图时启用强制顺序
   在upset()函数中传入目标集合顺序，同时必须添加keep.order = TRUE（否则UpSetR会自动覆盖自定义排序，使用默认的集合大小排序逻辑）：

   library(UpSetR)
   
   upset(df,
         sets = sets_order,
         keep.order = TRUE,
         # 可选：调整图表标签
         mainbar.y.label = "交集数量",
         sets.x.label = "集合大小")
   

执行后就能实现Fentanyl位于行顶部、Lorazepam位于底部的效果，行顺序严格遵循你指定的排列逻辑。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者docalexh