如何用lmer获取所有系数的固定效应而非仅截距？

问题出在你的公式写法上！当前的公式没有正确区分固定效应和随机效应的结构，导致Var1被当成了随机效应的一部分，而非固定效应，所以fixef()只返回了截距项。

为什么会这样？ #

你写的公式是：

form_lmer <- "y ~ 1 + Var1 + 1 | group"

这个写法不符合lmer的公式语法规范。在lme4的混合效应模型中，随机效应项必须用括号括起来，正确的结构是：固定效应部分 + (随机效应部分 | 分组变量)。

你的错误写法被lmer解析成了「固定效应只有截距，随机效应包含截距和Var1」，这就解释了为什么ranef()能看到每个group的Var1随机偏移，但fixef()里没有Var1的固定系数。

怎么修正？ #

如果你想要同时拥有固定效应的截距和Var1，以及随机效应的截距和Var1（按group分组），正确的公式应该写成：

form_lmer <- "y ~ 1 + Var1 + (1 + Var1 | group)"

或者更简洁的写法（因为截距1是模型默认包含的，可以省略）：

form_lmer <- "y ~ Var1 + (1 + Var1 | group)"

修正后的完整代码示例 #

# 修正公式
form_lmer <- "y ~ Var1 + (1 + Var1 | group)"
# 拟合模型
fm3 <- lmer(as.formula(form_lmer), df, REML = FALSE, verbose = TRUE)

# 获取随机效应（每个group的截距和Var1偏移）
final <- ranef(fm3)
head(final$group)
# 输出应该和你之前的类似：
#             (Intercept)        Var1
# 500  0.0429171100 -0.0114512020
# 501 -0.0483822296  0.0793030797
# ...

# 获取固定效应（截距和Var1的固定系数）
final2 <- fixef(fm3)
final2
# 输出会是你期望的格式：
# (Intercept)        Var1
#   0.9716914        xxxxxx

额外说明 #

如果你只需要固定的Var1和截距，随机效应仅包含截距，公式可以写成：

form_lmer <- "y ~ Var1 + (1 | group)"

此时ranef()只会返回每个group的截距随机偏移，fixef()依然会返回截距和Var1的固定系数。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Nick Knauer