Anaconda3 Cython编译报错：gcc无法找到-lpthread与-lc

我之前在旧版Ubuntu搭配Anaconda的环境里也碰到过几乎一模一样的问题，咱们来一步步拆解解决：

问题根源 #

你遇到的报错核心原因是Anaconda自带的链接器和Xubuntu 16.04的系统库环境不兼容。Anaconda为了实现跨平台编译，在compiler_compat目录下打包了一套自己的工具链，但这套工具链在Ubuntu 16.04这种相对老旧的系统上，没办法正确定位libpthread.so、libc.so这些系统级核心库，所以链接阶段直接报错找不到-lpthread和-lc。

你说单独执行编译命令正常、只有链接命令失败，也完全符合这个逻辑——编译阶段用的gcc没问题，但链接时调用了Anaconda的ld，才出的问题。

具体解决方案 #

方案1：临时切换到系统原生链接器（快速验证） #

在执行setup.py之前，先把系统默认的/usr/bin放到环境变量最前面，让系统优先用原生的链接器：

export PATH=/usr/bin:$PATH
python setup.py build_ext --inplace

这个方法最简单，适合快速验证问题，用完之后如果不需要可以直接关闭终端，环境变量就恢复了。

方案2：永久替换Anaconda的链接器 #

如果不想每次都手动设置环境变量，可以直接把Anaconda的ld换成系统原生版本的软链接：

1. 先备份Anaconda自带的ld：

mv /home/j/OFFICIAL/anaconda3/compiler_compat/ld /home/j/OFFICIAL/anaconda3/compiler_compat/ld_backup

2. 创建指向系统ld的软链接：

ln -s /usr/bin/ld /home/j/OFFICIAL/anaconda3/compiler_compat/ld

这样以后不管什么时候执行Cython编译，都会自动用系统的链接器，一劳永逸。

方案3：在setup.py里指定链接器（更灵活） #

如果你不想修改系统或Anaconda的全局配置，也可以在你的setup.py里直接指定链接器路径：

from setuptools import setup
from Cython.Build import cythonize
from setuptools.command.build_ext import build_ext

class CustomBuildExt(build_ext):
    def build_extensions(self):
        # 强制使用系统原生的ld链接器
        self.compiler.set_executable('linker_so', '/usr/bin/ld')
        super().build_extensions(self)

setup(
    ext_modules=cythonize("your_module.pyx"),  # 替换成你的pyx文件名
    cmdclass={'build_ext': CustomBuildExt}
)

修改完setup.py后，再运行python setup.py build_ext --inplace就可以正常链接了。

验证方法 #

你可以把之前报错的链接命令单独拿出来，在执行完方案1的环境变量设置后运行，应该能成功找到-lpthread和-lc，顺利完成链接。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Jonatan Öström