我之前也踩过CodeMix和Eclipse Neon版本兼容的坑，看你提供的日志，核心问题是com.genuitec.eclipse.code.core这个插件bundle在启动时抛出了激活异常，之前你试过的删除.metadata、管理员运行都没解决，那可以试试下面几个更针对性的方案：

• 彻底清理CodeMix残留并重装兼容版本
  关闭Eclipse后，做以下操作：

  1. 找到Eclipse安装目录下的dropins文件夹，删除所有带有codemix或genuitec标识的文件夹/文件；
  2. 进入用户目录（比如C:\Users\你的用户名）下的.eclipse文件夹，找到对应你当前Eclipse版本（4.6.3）的子目录，删除其中CodeMix相关的缓存文件夹；
  3. 重新启动Eclipse，安装适配Eclipse Neon（4.6.x）版本的CodeMix插件，避免安装最新版（最新版可能不再支持老版本Eclipse）。

• 升级JDK版本并配置到Eclipse
  你的日志显示使用的是JDK 1.8.0_101，这个版本过于陈旧，CodeMix对JDK 8的更新版本兼容性更好：

  1. 下载并安装JDK 8u200及以上版本（或尝试JDK 11，Eclipse Neon对JDK 11有基础支持）；
  2. 修改Eclipse安装目录下的eclipse.ini文件，在-vmargs行之前添加JDK路径配置（注意路径要换成你自己的JDK安装路径）：

     -vm
     C:\Program Files\Java\jdk1.8.0_291\bin\javaw.exe
     

  3. 保存后重启Eclipse。

• 使用-clean参数强制清理插件缓存
  右键点击Eclipse快捷方式，选择「属性」，在「目标」栏的现有路径末尾添加 -clean（注意前面有空格），比如：

  D:\eclipse\eclipse.exe -clean -product org.eclipse.epp.package.php.product
  

  启动一次Eclipse后，再去掉-clean参数正常启动，这个操作会强制Eclipse重新初始化插件状态，清理可能损坏的缓存。

• 通过OSGi控制台诊断依赖问题
  如果以上方法都无效，可以尝试用Eclipse的OSGi控制台排查具体依赖缺失：

  1. 启动Eclipse时添加-console参数，打开控制台后输入ss com.genuitec，查看所有Genuitec相关bundle的状态；
  2. 找到状态为INSTALLED或RESOLVED的bundle，输入start 你的bundle-id尝试手动启动，控制台会输出具体的依赖报错，根据提示补充缺失的插件或修复依赖。

你提供的报错日志： #

!SESSION 2018-05-31 12:13:30.531 -----------------------------------------------
eclipse.buildId=4.6.3.M20170301-0400
java.version=1.8.0_101
java.vendor=Oracle Corporation
BootLoader constants: OS=win32, ARCH=x86_64, WS=win32, NL=en_US
Framework arguments:  -product org.eclipse.epp.package.php.product
Command-line arguments:  -os win32 -ws win32 -arch x86_64 -product org.eclipse.epp.package.php.product

!ENTRY org.eclipse.equinox.ds 2 0 2018-05-31 12:13:34.098
!MESSAGE InstanceProcess.disposeInstances(): registration for component com.genuitec.eclipse.code.core.quickopeneventbu is already disposed!

!ENTRY org.eclipse.osgi 4 0 2018-05-31 12:13:34.154
!MESSAGE An error occurred while automatically activating bundle com.genuitec.eclipse.code.core (9).
!STACK 0
org.osgi.framework.BundleException: Exception in com.genuitec.eclipse.code.core.CodeCore.start() of bundle com.genuitec.eclipse.code.core.
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl.startActivator(BundleContextImpl.java:795)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl.start(BundleContextImpl.java:724)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.EquinoxBundle.startWorker0(EquinoxBundle.java:932)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.EquinoxBundle$EquinoxModule.startWorker(EquinoxBundle.java:309)
    at org.eclipse.osgi.container.Module.doStart(Module.java:581)
    at org.eclipse.osgi.container.Module.start(Module.java:449)
    at org.eclipse.osgi.framework.util.SecureAction.start(SecureAction.java:470)
    at org.eclipse.osgi.internal.hooks.EclipseLazyStarter.postFindLocalClass(EclipseLazyStarter.java:107)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.classpath.ClasspathManager.findLocalClass(ClasspathManager.java:529)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.ModuleClassLoader.findLocalClass(ModuleClassLoader.java:325)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findLocalClass(BundleLoader.java:345)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClassInternal(BundleLoader.java:423)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClass(BundleLoader.java:372)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClass(BundleLoader.java:364)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.ModuleClassLoader.loadClass(ModuleClassLoader.java:161)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
    at org.eclipse.core.internal.resources.Workspace.startup(Workspace.java:2391)
    at org.eclipse.core.internal.resources.Workspace.open(Workspace.java:2156)
    at org.eclipse.core.resources.ResourcesPlugin.start(ResourcesPlugin.java:464)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl$3.run(BundleContextImpl.java:774)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl$3.run(BundleContextImpl.java:1)
    at java.security.AccessController.doPrivileged(Native Method)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl.startActivator(BundleContextImpl.java:767)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.BundleContextImpl.start(BundleContextImpl.java:724)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.EquinoxBundle.startWorker0(EquinoxBundle.java:932)
    at org.eclipse.osgi.internal.framework.EquinoxBundle$EquinoxModule.startWorker(EquinoxBundle.java:309)
    at org.eclipse.osgi.container.Module.doStart(Module.java:581)
    at org.eclipse.osgi.container.Module.start(Module.java:449)
    at org.eclipse.osgi.framework.util.SecureAction.start(SecureAction.java:470)
    at org.eclipse.osgi.internal.hooks.EclipseLazyStarter.postFindLocalClass(EclipseLazyStarter.java:107)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.classpath.ClasspathManager.findLocalClass(ClasspathManager.java:529)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.ModuleClassLoader.findLocalClass(ModuleClassLoader.java:325)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findLocalClass(BundleLoader.java:345)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.sources.SingleSourcePackage.loadClass(SingleSourcePackage.java:36)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClassInternal(BundleLoader.java:419)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClass(BundleLoader.java:372)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.BundleLoader.findClass(BundleLoader.java:364)
    at org.eclipse.osgi.internal.loader.ModuleClassLoader.loadClass(ModuleClassLoader.java:161)
    at java.lang.ClassLoader.loadClass(Unknown Source)
    at org.eclipse

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Pure Rhymer Organization