Ubuntu/Linux下按可变模式批量重命名文件求助

没问题，针对你这种需要移除可变中间段的批量重命名需求，我给你几个实用的方案，都是经过验证的：

方案一：原生Bash循环（无需额外工具） #

这个方案利用Bash自带的参数扩展功能，完全不需要安装其他工具，适合所有类Unix系统。核心思路是提取文件名的前缀（第一个下划线之前的部分），再提取从_R开始的后缀部分，最后把两者拼接起来。

先执行测试命令（只输出要执行的重命名操作，不会实际修改文件）：

for file in *.fastq.gz; do
  echo mv "${file}" "${file%%_*}_R${file#*_R}"
done

如果输出的重命名逻辑符合你的预期，再去掉echo执行实际重命名：

for file in *.fastq.gz; do
  mv "${file}" "${file%%_*}_R${file#*_R}"
done

逻辑解释： #

• ${file%%_*}：提取文件名中第一个下划线之前的内容（比如1B、97C）
• ${file#*_R}：提取文件名中从_R之后的所有内容（比如1_001.fastq.gz）
• 拼接后就得到了1B_R1_001.fastq.gz这类目标文件名

方案二：Perl版rename工具（简洁高效） #

如果你的系统是Ubuntu/Debian这类默认使用Perl版rename的发行版，用正则表达式可以一步搞定，非常简洁。

先执行测试（-n参数只预览操作，不实际修改）：

rename -n 's/^([^_]+)_.*(_R[12]_001\.fastq\.gz)$/$1$2/' *.fastq.gz

确认预览结果正确后，去掉-n执行实际重命名：

rename 's/^([^_]+)_.*(_R[12]_001\.fastq\.gz)$/$1$2/' *.fastq.gz

正则解释： #

• ^([^_]+)：捕获开头到第一个下划线的前缀（分组1）
• _.*：匹配要删除的可变中间段
• (_R[12]_001\.fastq\.gz)$：捕获结尾的固定后缀（分组2，匹配R1/R2）
• $1$2：将两个捕获分组拼接，得到目标文件名

如果你的系统是RHEL/CentOS这类使用util-linux版rename的发行版，语法和Bash循环类似，直接用这个命令即可：

# 测试
for file in *.fastq.gz; do
  echo rename "${file}" "${file%%_*}_R${file#*_R}"
done
# 实际执行
for file in *.fastq.gz; do
  rename "${file}" "${file%%_*}_R${file#*_R}"
done

方案三：结合sed生成重命名命令 #

如果你习惯用sed处理字符串，可以先生成所有mv命令，检查无误后再执行：

# 生成命令并预览
ls *.fastq.gz | sed -E 's/(^[^_]+)_.*(_R[12]_001\.fastq\.gz)$/mv "&" "\1\2"/'

确认输出的命令正确后，通过管道传给Bash执行：

ls *.fastq.gz | sed -E 's/(^[^_]+)_.*(_R[12]_001\.fastq\.gz)$/mv "&" "\1\2"/' | bash

内容的提问来源于stack exchange，提问作者Deni Galinac Ribičić