使用FactoMineR执行FAMD时，summary函数打印类别报错

我碰到过类似的问题，帮你梳理下原因和解决办法：

问题根源 #

你这里的报错是因为imputeFAMD()的返回值格式和FAMD()函数tab.comp参数的预期不匹配导致的。imputeFAMD()返回的是一个包含补全数据集、成分信息、迭代结果等内容的列表，而FAMD()的tab.comp参数只需要纯补全后的数据集。你直接把整个imputeFAMD返回对象传给tab.comp，会导致summary()在处理分类变量的cos2矩阵时出现索引计算错误，进而触发“替换长度不匹配”的报错。

修正后的代码 #

只需要从imputeFAMD的返回结果中提取completeObs元素（这才是补全后的完整数据集），再传给FAMD()即可：

library(FactoMineR) 
library(missMDA)

# 构造示例数据
n = c(2, 3, 5, 3, 4, 6, 7, 3, 7, 3, 7, 8, 11, 4, 13) 
s = c("aa", "bb", "cc", "aa", "bb", "cc", "aa", "bb", "cc", "aa", "bb", "cc", "aa", "bb", "cc") 
b = c(1, 4, NA, NA, 2, 1, 7, 1, 2, NA, NA, 2, 1, 7, NA) 
all = data.frame(n, s, b) 

# 处理缺失值：获取完整的补全数据集
impute_output = imputeFAMD(all)
complete_dataset = impute_output$completeObs

# 正确运行FAMD分析
FAMDall = FAMD(all, tab.comp = complete_dataset) 

# 现在summary可以正常输出所有结果了
summary(FAMDall, nbelements = Inf, ncp=4)

验证效果 #

运行上面的代码后，summary()会完整打印出连续变量的描述统计、主成分贡献，以及分类变量各个类别的相关统计信息，不会再出现之前的报错。这个问题的核心就是搞清楚imputeFAMD返回值的结构，只传入FAMD()需要的那部分数据就行。

内容的提问来源于stack exchange，提问作者NicoH