如何从加权survfit拟合结果中提取风险人数与事件数?
如何从加权survfit拟合结果中提取风险人数与事件数?
你对加权Kaplan-Meier模型里风险人数和事件数的理解完全正确——初始风险人数就是对应组内所有样本的权重之和,总事件数则是组内发生事件的样本权重总和。其实不用手动计算,我们可以直接从survfit拟合生成的对象里提取这些数值,下面给你具体的操作方法:
提取初始加权风险人数
survfit对象自带的$n属性直接存储了各组的初始加权风险人数,和你手动求和权重的结果完全一致。用你拟合的fit1举例,直接运行:fit1$n就能得到对照组和治疗组的初始加权风险人数,对应你计算的
treated0和treated1。提取各组总加权事件数
survfit对象的$n.event属性是一个向量,记录了每个时间点的加权事件数。如果需要每组的总事件数,我们可以用tapply按组拆分并求和:# 按组统计总加权事件数 total_events <- tapply(fit1$n.event, fit1$strata, sum) total_events运行后就能得到两组各自的总加权事件数,和你手动筛选事件样本再求和权重的结果一致。
查看逐时间点的细节数据(可选)
如果你需要每个时间点的风险人数、事件数,可以直接调用fit1的这些属性:fit1$n.risk:各时间点的加权风险人数fit1$n.event:各时间点的加权事件数
这些就是summary(fit1)输出表格里对应列的原始数据。
你可以验证一下,比如把手动计算的结果和从fit1提取的结果做对比:
# 手动计算初始风险人数 manual_initial_n <- c(sum(lalonde$weight[lalonde$treat == 0]), sum(lalonde$weight[lalonde$treat == 1])) # 对比提取值 all.equal(manual_initial_n, fit1$n)
结果会返回TRUE,说明提取的数值是准确的。
备注:内容来源于stack exchange,提问作者geek45
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